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JP-3773: Store logs from calibration pipeline in datamodel #8857
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tapastro
wants to merge
3
commits into
spacetelescope:main
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from
tapastro:jp-3773-log-extension
base: main
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Branch not found: {{ refName }}
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Original file line number | Diff line number | Diff line change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
@@ -4,16 +4,21 @@ | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from functools import wraps | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
import logging | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
import warnings | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
import time | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stdatamodels.jwst.datamodels import JwstDataModel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stdatamodels.jwst import datamodels | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stpipe import crds_client | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stpipe import Step | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stpipe import Pipeline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from stpipe import crds_client, Step, Pipeline | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from .. import __version_commit__, __version__ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
from ..lib.suffix import remove_suffix | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
_LOG_FORMATTER = logging.Formatter( | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
"%(asctime)s.%(msecs)03d - %(name)s - %(levelname)s - %(message)s", | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
datefmt="%Y-%m-%dT%H:%M:%S", | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
_LOG_FORMATTER.converter = time.gmtime | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
log = logging.getLogger(__name__) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
log.setLevel(logging.DEBUG) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
@@ -25,6 +30,8 @@ class JwstStep(Step): | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
output_ext = string(default='.fits') # Output file type | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
""" | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
_log_records_formatter = _LOG_FORMATTER | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
@classmethod | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
def _datamodels_open(cls, init, **kwargs): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
return datamodels.open(init, **kwargs) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
@@ -92,6 +99,12 @@ def finalize_result(self, result, reference_files_used): | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
if self.parent is None: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
log.info(f"Results used CRDS context: {result.meta.ref_file.crds.context_used}") | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
if hasattr(result, 'cal_logs'): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict = result.cal_logs.instance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
else: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict = dict() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict[self.class_alias] = '\n'.join(self._log_records) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
result.cal_logs = tmpdict | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
def remove_suffix(self, name): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
return remove_suffix(name) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
@@ -124,3 +137,14 @@ class JwstPipeline(Pipeline, JwstStep): | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
def finalize_result(self, result, reference_files_used): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
if isinstance(result, JwstDataModel): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
log.info(f"Results used CRDS context: {crds_client.get_context_used(result.crds_observatory)}") | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
if hasattr(result, 'cal_logs'): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict = result.cal_logs.instance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
else: | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict = dict() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
tmpdict[self.class_alias] = '\n'.join(self._log_records) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
for _, step in self.step_defs.items(): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
if step.class_alias in tmpdict.keys(): | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
del tmpdict[step.class_alias] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
result.cal_logs = tmpdict | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Some code golf and switching the
cal_log
to a list of strings.