PanMyeloid Assignment

• Author: ZHANG, Yiling
• Date: 27/10 - 6/11
• Paper: A pan-cancer single-cell transcriptional atlas of tumor infiltrating myeloid cells, Cheng,Sijin et al.,Cell,2021

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Here is source code for assignment. Report and relevant files please refer to

• Report: GitBook-Report
• Paper Reproduction Notebook: LING-Notebook for Python
• Data Exploration Notebook: LINK-Notebook for R & LINK-Notebook for Python
• TROUBLESHOOTING: GitBook-TROUBLESHOOTING

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├── output
│   └── rmd-output
├── PanMyeloid-assignment.Rproj
├── processedData
│   ├── alldata.obj
│   │   ├── alldata-metadata.csv
│   │   ├── bbknn-completed.h5ad
│   │   ├── compute-HVG-alldata.h5ad
│   │   ├── compute-HVG-PCA-alldata.h5ad
│   │   ├── finish-integration-with-umap.h5ad
│   │   ├── finish-integration-with-umap.h5seurat
│   │   ├── newly-generated-data-fixed-obs.h5ad
│   │   ├── regressed-alldata.h5ad
│   │   ├── regressed-alldata.h5seurat
│   │   ├── scgen-data-umap.csv
│   │   ├── scgen-data-umap.txt
│   │   ├── scgen-data-with-umap.h5ad
│   │   └── scgen-data-with-umap.h5seurat
│   ├── CRC.processsed
│   │   ├── CRC-myeloid-filtered.h5ad
│   │   ├── CRC-myeloid-filtered.h5Seurat
│   │   ├── CRC-myeloid-filtered.RDS
│   │   └── CRC-myeloid-raw.RDS
│   └── tmp.data
│       ├── ori-lisi-res.RData
│       ├── pancreas.h5ad
│       └── saved_models
│           └── model_batch_removal.pt
│               ├── attr.pkl
│               ├── model_params.pt
│               └── var_names.csv
├── rawData
│   ├── anno.ref
│   │   ├── hpca-se.RData
│   │   └── ImmGen.RData
│   ├── CRC
│   │   ├── GSE146771_CRC.Leukocyte.10x.Metadata.txt.gz
│   │   ├── GSE146771_CRC.Leukocyte.10x.TPM.txt.gz
│   │   ├── GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.Metadata.txt.gz
│   │   └── GSE146771_CRC.Leukocyte.Smart-seq2.TPM.txt.gz
│   ├── ESCA
│   │   ├── GSE154763_ESCA_metadata.csv.gz
│   │   └── GSE154763_ESCA_normalized_expression.csv.gz
│   ├── LYM
│   │   ├── GSE154763_LYM_metadata.csv.gz
│   │   └── GSE154763_LYM_normalized_expression.csv.gz
│   ├── MYE
│   │   ├── GSE154763_MYE_metadata.csv.gz
│   │   └── GSE154763_MYE_normalized_expression.csv.gz
│   ├── OV-FTC
│   │   ├── GSE154763_OV-FTC_metadata.csv.gz
│   │   └── GSE154763_OV-FTC_normalized_expression.csv.gz
│   ├── PAAD
│   │   ├── GSE154763_PAAD_metadata.csv.gz
│   │   └── GSE154763_PAAD_normalized_expression.csv.gz
│   └── UCEC
│       ├── GSE154763_UCEC_metadata.csv.gz
│       └── GSE154763_UCEC_normalized_expression.csv.gz
├── README.md
├── report
│   ├── DataExploration-scGen.ipynb
│   ├── PanMyeloidAssignment-Yiling.html
│   ├── PanMyeloidAssignment-Yiling.Rmd
│   └── PaperReproduction.ipynb
└── src
    ├── script
    │   ├── py.script
    │   │   └── 01-InitializeData.py
    │   └── R.script
    │       ├── 01-InitializeSeuratObject.R
    │       └── CRC-preprocess.R
    └── upload-pic
        ├── CellNumberChexk.png
        └── sampleDiscription.png