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Joskerus committed Dec 15, 2023
1 parent dc7a267 commit dadecdf
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16 changes: 8 additions & 8 deletions episodes/TallerIntroAnaliticaBrotes.Rmd
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Expand Up @@ -74,9 +74,9 @@ En esta práctica se desarrollarán los siguientes conceptos:

- Transmisión de enfermedades infecciosas de persona a persona

- Número reproductivo básico
- Número de reproducción básico

- Número reproductivo efectivo
- Número de reproducción instantáneo

- Probabilidad de muerte (IFR, CFR)

Expand Down Expand Up @@ -663,7 +663,7 @@ Si no lo recuerda, vuelva por pistas a la sección [Ajuste un modelo log-lineal
Ahora que ya ha obtenido la tasa de crecimiento diaria y sus intervalos de confianza, puede pasar a estimar el tiempo de duplicación.


#### Estimacion del tiempo de duplicación
#### Estimación del tiempo de duplicación


Esta información también la encontrará calculada y lista para utilizar en el objeto `ajuste_modelo_truncado`, que tiene los datos ajustados de incidencia semanal truncada.
Expand Down Expand Up @@ -704,15 +704,15 @@ cat("Intervalo de confianza del tiempo de duplicación (95%):", tiempo_duplicaci

Si no lo recuerda vuelva por pistas a la sección [Ajuste un modelo log-lineal a los datos de incidencia semanal](#interpretación-del-modelo)

## 5. Estimación de numero de reproduccion
## 5. Estimación de número de reproducción

Evaluar la velocidad a la que se propaga una infección en una población es una tarea importante a la hora de informar la respuesta de salud pública a una epidemia.

Los números de reproducción son métricas típicas para monitorear el desarrollo de epidemias y son informativos sobre su velocidad de propagación. El **número reproductivo básico** $R_0$, por ejemplo, mide el número promedio de casos secundarios producidos por un individuo infeccioso dada una población completamente susceptible. Esta hipótesis suele ser válida solo al inicio de una epidemia.
Los números de reproducción son métricas típicas para monitorear el desarrollo de epidemias y son informativos sobre su velocidad de propagación. El **Número de reproducción básico** $R_0$, por ejemplo, mide el número promedio de casos secundarios producidos por un individuo infeccioso dada una población completamente susceptible. Esta hipótesis suele ser válida solo al inicio de una epidemia.

Para caracterizar el la propagación en tiempo real es más común utilizar el **número reproductivo instantáneo** $R_t$, el cual describe el número promedio de casos secundarios generados por un individuo infeccioso en el tiempo $t$ dado que no han habido cambios en las condiciones actuales.
Para caracterizar el la propagación en tiempo real es más común utilizar el **Número de reproducción instantáneo** $R_t$, el cual describe el número promedio de casos secundarios generados por un individuo infeccioso en el tiempo $t$ dado que no han habido cambios en las condiciones actuales.

En esta sección exploraremos los conceptos necesarios para calcular el número reproductivo instantáneo, así como los pasos a seguir para estimarlo por medio del paquete de R `{EpiEstim}`.
En esta sección exploraremos los conceptos necesarios para calcular el Número de reproducción instantáneo, así como los pasos a seguir para estimarlo por medio del paquete de R `{EpiEstim}`.

### 5.1. Intervalo serial (SI)

Expand All @@ -736,7 +736,7 @@ config <- make_config(list(mean_si = mean_si, std_si = std_si))

### 5.2. Estimación de la transmisibilidad variable en el tiempo, R(t)

Cuando la suposición de que ($R$) es constante en el tiempo se vuelve insostenible, una alternativa es estimar la transmisibilidad variable en el tiempo utilizando el número de reproducción instantánea ($R_t$). Este enfoque, introducido por Cori et al. (2013), se implementa en el paquete `EpiEstim`, el cual estima el $R_t$ para ventanas de tiempo personalizadas, utilizando una distribución de Poisson. A continuación, estimamos la transmisibilidad para ventanas de tiempo deslizantes de 1 semana (el valor predeterminado de `estimate_R`):
Cuando la suposición de que ($R$) es constante en el tiempo se vuelve insostenible, una alternativa es estimar la transmisibilidad variable en el tiempo utilizando el Número de reproducción instantáneo ($R_t$). Este enfoque, introducido por Cori et al. (2013), se implementa en el paquete `EpiEstim`, el cual estima el $R_t$ para ventanas de tiempo personalizadas, utilizando una distribución de Poisson. A continuación, estimamos la transmisibilidad para ventanas de tiempo deslizantes de 1 semana (el valor predeterminado de `estimate_R`):

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