Edison rda

[e-florez]

Hay que revisar bien la lógica de como agrupar los índices de los átomos vecinos (dentro del grid). Funciona pero no estoy satisfecho con el diseño del algoritmo.

Por otro lado, tenemos que pensar como hacer la integración y como diseñar la lógica para hacer los análisis.

[AndyDanian]

Podría, por favor, aclarar los archivos editados además de lo que adicionodo, que van hacer posiblemente integrados al master

[AndyDanian]

Errores

Cuando quiero ejecutar el programa para revisar en detalle la rutina atoms_index_list; me sale el siguiente error

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• Geometrical Analisys for Atomic and Molecular clusters *

•          - files with XYZ format -                 *   
  

•                                                    *
  

• Radial, Angular and Dihedral Distribution (Histogram) *
• Atom transfer (Stern-Limbach) *

•                                                    *
  

•                                                    *
  

• by: *
• Edison Florez, Andy Zapata, Cesar Ibarguen (2020) *

•                                                    *
  

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Working directory path [default: empty=current dir]:
Working directory: /home/danian/pythongit/radial_distribution

A total of 2 XYZ files were found:

    0zd.xyz open_0zd.xyz

What XYZ files do you want? Separated by comma [default: empty=all]
0zd.xyz
working files:
0zd.xyz

Atoms transfer analysis (O-H-O) according to Stern-Limbach model (q1, q2):
Transfer of atoms H between O and O, where q1=0.5*(r1-r2) and q2=r1+r2, r1: distance[OH] and r2: distance[HO]

Traceback (most recent call last):
File "main.py", line 154, in
transfer.atom_transfer(index_dict, input_list, distances_dict)
File "/home/danian/pythongit/radial_distribution/atoms_transfer.py", line 88, in atom_transfer
fmt='%15.10f %15.10f')
File "<array_function internals>", line 6, in savetxt
File "/usr/local/lib/python3.6/dist-packages/numpy/lib/npyio.py", line 1404, in savetxt
raise error
ValueError: fmt has wrong number of % formats: %15.10f %15.10f

Lo podrías arregla para poder proceder en la revisión

Observaciones :

1) Con respecto a los pares para formar los dihedros, creo que es necesario tomar además la siguiente combinación

[A,B]--[B,C]--[C,D] <-- En este caso tanto B como C son pivotes

Cuando considera solo B como pivote, solo se van a considerar los dihedros conformados por los átomos que están a un enlace del átomo B

Un dihedro en el espacio Euclidiano es una linea conformada por 2 puntos, la cual se une a dos puntos en cada uno de sus extremos o en uno de sus extremos (--< |__|)

2) Podrías, por favor, eliminar lo que no sea estrictamente necesario para el funcionamiento de la rutina que usted implemento atoms_index_list