Procédure d’usage de la macro commande FISH&PROG.

Dépendances:

Utiliser Fiji avec les plugins suivants :
-Anomalous Diffusion Filters PlugIn : CSIM Laboratory : https://imagej.net/plugins/csim-lab
-IJPB plugins pour MorpholibJ

Requiert de télécharger le fichier " bassin-filtered.lut " et de le placer dans le dossier " /Applications/Fiji.app/luts/ " puis redémarrer Fiji.

version de Fiji requise :

Usage :

Ce programme fonctionne avec les images 561 qui contient le signal d'interêt et 488 qui définie bien le marquage des cellules.
Il est nécessaire d'adopter une structure de répertoire de la forme /embryon1/temp_1/. Chaque image 488 et 561 doit se trouver dans un repertoire "stade" dans lequel les mesures ont été faites. Ensuite, chaque stade est associé à un embryon, donc dans répertoire "embryon". Au démarrage du programme, il faut spécifier le premier chemin du repertoire contenant les images. Par précaution, il est préférable que chaque repertoire "stade" contiennent seulement les deux images à analyser.

Fonctionnement :

Ce programme est divisé en plusieurs fonctions nommées phase1(), phase2(),...
phase 1 : Pré-traite le l'image du canal 488
phase 2 : Segmentation
phase 3 : Extraction des bassins des cellules
phase 4 : Filtrage des cellules en fonction de leurs surfaces + calcul de leur volume
phase 5 : Extraction des Spot
phase 6 : Récupèration des coordonnées des clusters
phase 7 : Compte le nombre de Spot par cellule
phase 8 : Mesure intensité de chaque Spot contenu dans chaque cellule
phase 9 : Création d'un tableau résultat et sauvegarde de ce dernier dans le repertoire utilisé
phase 10 : LUT en fonction de l'intensité des spots d'une cellule ou en fonction du nombre de spot d'une cellule