[x] Ajouter le fichier BED d'output des alignements [x] Ajouter le fichier Loci d'output de l'annotation [ ] Ajouter un graphique sur l'architecture de DEkupl-annot [ ] Génerer le tableau des ontologies automatiquement dans le README [ ] Ajouter les dernieres colonnes manquantes (voir fichier Drive) [ ] UTR [ ] exon_coords [ ] SNV [ ] other-split [ ] Afficher les headers dans le fichier output (comme un VCF) [ ] Ajouter une fonction "run" pour les analyzer [ ] AJouter des tests sur tous les fichiers d'input pour vérifier leur format! [x] Faire des tests pour GSNAP et SWitche afin de vérifier que les dépendances sont bien installées [x] GSNAP [x] Samtools [x] R & DESeq2
[ ] Faire des tests pour vérifier que le fichier d'input sont bien formés [x] Sample conditions [ ] Contigs (merged-diff-counts) [ ] Normalized counts [ ] DEGs [ ] Logs de GSNAP dans le dossier de résultats et pas un fichier temporaire Idem pour DESeq2 [x] Choix de l'annotations si plusieurs chevauchantes : 1. exon over intron 2. Taille du chevauchement 3. Longeur du gène [ ] Annotation des jonctions connus (dans le GFF) [ ] Ontologie SNV: on conserve la règle pour rétro-compatibilité [x] Ajout d'une colonne avec le CIGAR [x] On renomme 5p et 4p en downstream/upstream [ ] Ajout d'une colonne avec la liste des features GFF qui overlappent le contig [ ] Ontologie UTR : pas de modifications [x] Benchmark des procédure pour la recherche de fusion : GNSAP 2-step, STAR, Blast [ ] Ajout du mapping BLAST pour les primers [ ] Ajout du mapping BLAST pour les contigs non mappés par GSNAP [ ] Ajouter des time sur les logs pour faire des stats
[ ] Un seul index pour dekupl-annotation et dekupl-run [ ] Génerer un fichier transcriptome.fa [ ] Générer un index kallisto [ ] Générer un fichier transcript_to_gene_mapping.tsv [x] On vérifie à la constriction de l'index que les fichier sont compatibles : 1. Mêmes références dans le GFF et le fasta 2. Présence de features "gene" 3. Vérification que les ID sont uniques 4. Warning sur les données manquantes utilisés par l'annotation (ex: Name dans le GFF)