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Repositório da Oficina 3 - MOCÓ - Mastozóologos Organizados em uma Conferência Online

MINICURSO 3: Introdução à modelagem de distribuição de espécies usando a linguagem R

Ministrante: Maurício Humberto Vancine

Instituição: Universidade Estadual Paulista (UNESP), Câmpus de Rio Claro, Rio Claro, SP

Resumo

A ampla disponibilidade de dados sobre a biodiversidade e variáveis ambientais propiciam o uso de análises espaciais, dentre elas, os Modelos de Distribuição de Espécies (ou do inglês Species Distribution Modeling — SDM). Nessa oficina, oferecerei uma introdução teórica e prática à técnica de SDM utilizando a linguagem R. Primeiramente, apresentarei brevemente os principais conceitos da teoria de nicho ecológico (Grinnell, Elton e Hutchinson) e da teoria de SDMs (espaço geográfico (G), espaço ambiental (E) e diagrama Biótico-Abiótico-Movimentação (BAM)). Seguida à parte teórica, apresentarei as principais bases de dados (ocorrências e variáveis ambientais), tipos de algoritmos (BIOCLIM, Mahalanobis, Gower, GLM, GAM, Random Forest, SVM e MaxEnt), avaliação dos modelos (ROC, AUC e TSS), limites de corte (thresholds) e consenso de modelos (ensemble). A parte prática será focada na construção dos modelos através da linguagem R, onde abordarei: (1) introdução à linguagem R, (2) obtenção e seleção de dados de ocorrências e variáveis ambientais, (3) ajuste e predição dos modelos, (4) métricas de avaliação, (5) consenso dos modelos (ensemble) e (6) composição dos mapas.

Informações aos participantes

Datas:
25/09/2019 (9:00 h - 12:00 h)
26/09/2019 (9:00 h - 12:00 h)

Ementa: Ementa

Contato: Para mais informações ou dúvidas, envie e-mail para:

Instruções aos participantes

Hardware
Será necessário que todas e todos usem seus próprios notebooks.

Softwares

Para quem não tem familiaridade com a linguagem R, sugiro que se possível, assistam algumas aulas desse curso: http://www.bosontreinamentos.com.br/category/programacao-em-r/

  • RTools Possivelmente se você usa Windows, vai precisar instalar o RTools (app de desenvolvedores) para instalar os pacotes. Siga esses passos: https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

  • Instalar os pacotes no R
    Com o R e o RStudio instalados, baixe esse script (scripts são roteiros que possuem comandos, como um rascunho).
    Abra o script baixado (script_r_instalar_pacotes.R) no software RStudio e rode cada linha de comando para instalar os pacotes.
    Para rodar as linhas, basta colocar o cursor na linha de código a ser executada e precionar: Crtl + Enter, como mostra o gif abaixo:

Alt Text

  • Java Para instalar o pacote rJava no R para rodar o MaxEnt será necessário instalar o Java. Siga os passos nesse link: https://www.java.com/pt-BR/

Dúvidas ou dificuldades
Para ajuda, envie e-mail para: