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项目说明

git 使用建议

需要使用此代码进行工作的话, 建议fork此库，并在fork后的代码库中，新建work分支。

点击上方Fork按钮，转到自己fork源的页面
git clone [email protected]:"""your user name in git.ustclug"""/modules.git
cd modules
git checkout -b work

fork后的代码和上游同步。

git remote add upstream https://git.ustclug.org/liuxu/modules.git
git checkout master
git pull upstream master
git push

更新work分支，master与上游同步后，使用变基(rebase)同步work分支

git checkout work
git rebase -i master
解决冲突，合并

欢迎merge request

代码使用

从 templates 目录拷贝示例主程序

cp templates/calc_msd.f90 main.f90

编译

mkdir build && cd build
source /opt/rh/devtoolset-3/enable  # 可选，使用高版本gfortran。
export FC=ifort                     # 可选
cmake ..                            # 如果cmake失败，请尝试 “cmake3 ..”
make                                # ubuntu可能链接lapack失败，原因未知，请使用RedHat系linux系统
./main

模块说明

syst

  1. 体系维度
  2. 大小球比例 ...

config

  1. 定义tpcon结构，包含体系粒子数、位形、半径、速度等等，盒子边长、剪切等等，系统能量、压强等等。
  2. 定义用于初始化系统的子过程：init_system
  3. 用于产生位形的：gen_rand_config, gen_lattice_triangle
  4. 用于计算两粒子距离的子过程：calc_dra
  5. 用于裁剪位形的子过程：trim_config

list

  1. 定义tplist、tplistone结构，包含粒子邻居编号，ra_ij除以盒子边长后的取整信息
  2. 定义子过程分别对应列表空间分配、列表、列表检查
  3. 检查自由粒子（rattler）、计算配位数

fire

  1. 子过程init_confire，复制欲minimize的体统
  2. 子过程check_system_force，检查体系残余力
  3. 子过程mini_fire_cv，恒定体积fire
  4. 子过程mini_fire_cp，恒定压强和剪切力fire，可分别或控制xy边界

md

  1. 分子动力学相关 (16)
  2. 子过程md_nvt，实现NVT MD模拟的一步积分 (06)
  3. md_npt (16, 17)
  4. md_npt with swap mc (16, 18)

force

  1. subtroutine force (05)
  2. function force (05, 15)

network

  1. 定义tpspring，tpnetwork结构，记录弹簧网络体系
  2. 子过程make_network，从粒子位形和接触信息构造弹簧网络
  3. 子过程calc_len，计算弹簧网络某一bond的长度

dynamic

  1. 动力学量的计算
  2. msd, fkt, 速度关联

struc

  1. field (19)
  2. correlation in the fourier space (13), eg: sk
  3. correlation in the real space (20), eg: gr
  4. voronoi cell (03), psi(12)

matrix

  1. 动力学矩阵，振动模相关
  2. 子过程make_dymatrix，计算动力学矩阵
  3. 子过程solve_matrix，调用Lapack解矩阵本征值，可选择只解前rangevar部分
  4. 子过程calc_pw，计算参与度

math

  1. random number, sort, swap, etc.(91)
  2. integral(14)