-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
configure_extract_phase.txt
302 lines (251 loc) · 11.4 KB
/
configure_extract_phase.txt
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
"""
programme permettant la configuration de l'extraction de la phase via interféromètre de Mach-Zender
:auteur: Maxence BARRE
:date: 26/02
:comment: ce programme a pour but d'etre utilisé en production; mais n'est pas censé être appelé
par un programme maitre
TODO: régler le problème de la caméra zelux
TODO: enregistrer les paramètres de la ROI
TODO: utiliser la ROI pour accélérer les prises des photos de la zelux
TODO: utiliser les docker (cf prg de rafael)
TODO: configurer les boutons de lancement d'enregistrement, d'arret et de sauvegarde
TODO: affichage d'un label indiquant le delay associé
TODO: commenter les fonctions!!!!
TODO: proposer une aide à la "verticalisation" de la ROI
"""
# une petite variable de test:
use_webcam = False
# importation des modules
print("[INFO] Importation des modules")
import sys
from pylablib.devices import Thorlabs
import PyQt5.QtWidgets as qt
import pyqtgraph as pg
from pyqtgraph.Qt import QtCore, QtGui
import numpy as np
import cv2
import h5py
import os
import pickle
print("[INFO] Modules importés avec succès")
# création de la fen^tre graphique principale
class MainWindow(qt.QMainWindow):
"""
fenetre de configuration principale
"""
def __init__(self):
"""
initialisation de la classe
"""
super().__init__()
self.take_photo_cam = True
self.what_to_use_for_picture = "camera" # choisir entre camera et video
self.phase_vector = []
self.taille_des_blocs = 1000 # en images
self.image_from_hdf5_to_use = list()
# Initialize webcam
print("[INFO] Recherche des caméras disponibles")
ad_serial = Thorlabs.list_cameras_tlcam() # affiche normalement la liste des caméras connectées
if len(ad_serial) != 0:
self.cam_zelux = True
print(f"[INFO] Adresses trouvées: {ad_serial}")
self.cam = Thorlabs.ThorlabsTLCamera(serial=ad_serial[0])
self.cam.set_exposure(10E-3)
self.cam.start_acquisition()
print(f"[INFO] Caméra {ad_serial[0]} connectée")
else:
self.cam_zelux = False
print("[WARNING] Caméra Zelux non trouvée, Ouverture de la caméra par défaut")
self.cam = cv2.VideoCapture(0)
if use_webcam:
self.cap = cv2.VideoCapture(0)
self.setupUI()
self.timer = QtCore.QTimer(self)
self.timer.timeout.connect(self.update_frame)
self.timer.start(30)
def setupUI(self):
"""
setup de la fenetre graphique
"""
self.setWindowTitle("Webcam Viewer")
# Create a central widget
self.centralWidget = qt.QWidget()
self.setCentralWidget(self.centralWidget)
# create menuBar for selection
menuBar = self.menuBar()
choix_source = menuBar.addMenu('Source')
video = qt.QAction("Vidéo", self)
choix_source.addAction(video)
video.triggered.connect(self.config_video)
choix_source.addAction("Caméra")
action = menuBar.addMenu('Action')
action.addAction('Lancer Traitement')
get_roi = qt.QAction("Utiliser ROI sauvegardée", self)
action.addAction(get_roi)
get_roi.triggered.connect(self.get_roi_from_file)
sauvegarde = menuBar.addMenu('Sauvegarde')
sauvegarde.addAction('Sauvegarder Data')
save_roi = qt.QAction("Sauvegarder ROI", self)
sauvegarde.addAction(save_roi)
save_roi.triggered.connect(self.save_roi)
# Create a layout for the central widget
grid = qt.QGridLayout()
self.centralWidget.setLayout(grid)
# Create a graphics view widget to display the image
self.plotView = pg.PlotWidget()
self.graphicsView = pg.ImageItem()
self.plotView.addItem(self.graphicsView)
self.plotView.setAspectLocked()
grid.addWidget(self.plotView, 0, 0)
# création de la ROI
ex_image = self.take_photo_with_cam()
self.roi = pg.RectROI(pos = [(50+12.5)/100 * ex_image.shape[0], (50-37.5)/100 * ex_image.shape[1]], size = [75/100 * ex_image.shape[1], 25/100 * ex_image.shape[0]] ,angle = 90, pen = (0, 9))
self.roi.addRotateHandle([1, 0], [0.5, 0.5])
self.plotView.addItem(self.roi)
self.roi.sigRegionChanged.connect(self.update_roi)
# GUI pour l'affichage de la ROI
self.graphicsView2 = pg.ImageView()
self.graphicsView2.ui.roiBtn.hide()
self.graphicsView2.ui.menuBtn.hide()
self.graphicsView2.ui.histogram.hide()
grid.addWidget(self.graphicsView2, 1, 0)
# plotting de la "somme"/moyenne de l'image
self.plotView2 = pg.PlotWidget()
grid.addWidget(self.plotView2, 2, 0)
# plotting du spectre de la fft
self.plotView3 = pg.PlotWidget()
self.plotFourier = pg.PlotDataItem()
self.cursor = pg.InfiniteLine(pos=0,angle=90,movable=True,pen="g") # on utilise ce pic pour lire la phase
self.plotView3.addItem(self.cursor)
self.plotView3.addItem(self.plotFourier)
grid.addWidget(self.plotView3, 0, 1)
# plotting du graphe de la phase
self.plotView4 = pg.PlotWidget()
grid.addWidget(self.plotView4, 1, 1)
def config_video(self):
print("[INFO] Sélection d'une vidéo ou d'un fichier h5 comme outil de travail")
self.what_to_use_for_picture = "video"
self.take_photo_cam = False
dlg = qt.QFileDialog()
dlg.setFileMode(qt.QFileDialog.AnyFile)
self.index_of_chunk = -1
if dlg.exec_():
filenames = dlg.selectedFiles()
if len(filenames) > 1:
print("[WARNING] Un seul fichier maximum")
self.what_to_use_for_picture = "camera"
else:
# le fait d'utiliser with ... as ... nous oblige à extraire TOUTES les données d'un coup.
# on décide donc de ne pas l'utiliser afin de ne pas saturer la mémoire
file = h5py.File(filenames[0], 'r')
self.huge_data_h5py = file['RawData/Scan000/Detector001/Data2D/CH00/EnlData00']
self.index_image_in_video = -1 # oui, oui c'est bien -1
# with h5py.File(filenames[0], 'r') as file:
# self.images_from_video = np.array(file['RawData/Scan000/Detector001/Data2D/CH00/EnlData00'])
# print("[INFO] Images extraites avec succès")
# print("taille", self.images_from_video.shape, type(self.images_from_video))
ex_image = self.huge_data_h5py[0]
self.roi.setPos(pos = [(50+12.5)/100 * ex_image.shape[0], (50-37.5)/100 * ex_image.shape[1]])
self.roi.setSize(size = [75/100 * ex_image.shape[1], 25/100 * ex_image.shape[0]])
self.take_photo_cam = True
def take_photo_with_cam(self):
if self.cam_zelux:
frame = self.cam.read_newest_image()
# frame = np.rot90(self.cam.snap())
else:
ret, frame = self.cam.read()
# print('r', ret)
frame = np.rot90(np.rot90(np.rot90(cv2.cvtColor(frame, cv2.COLOR_BGR2RGB))))
return frame
def update_frame(self):
# print("begin update")
if self.take_photo_cam:
if self.what_to_use_for_picture == "camera":
self.current_frame = self.take_photo_with_cam()
elif self.what_to_use_for_picture == "video":
self.current_frame = self.video_get_next_frame()
else:
print("[ERROR] l'argument self.what_to_use_for_picture n'est pas reconnu pas le programme")
self.graphicsView.setImage(self.current_frame)
self.update_roi()
# print("end update")
if use_webcam:
ret, frame = self.cap.read()
if ret:
frame = cv2.cvtColor(frame, cv2.COLOR_BGR2RGB) # OpenCV uses BGR, PyQtGraph uses RGB
self.graphicsView2.setImage(np.rot90(frame))
def update_roi(self):
# print("updating roi")
image_roi = self.roi.getArrayRegion(self.current_frame, self.graphicsView)
self.graphicsView2.setImage(image_roi)
self.graphicsView2.autoRange()
self.update_graph_sum(image_roi)
def update_graph_sum(self, image_roi):
# print(image_roi.shape)
if len(image_roi.shape) == 3: # image en couleur
sommation = np.sum(image_roi[:, :, 0], axis=1)
else:
sommation = np.sum(image_roi, axis=1)
# print(sommation.shape)
self.plotView2.clear()
self.plotView2.plot(sommation)
self.update_graph_spectre_fft(sommation)
def update_graph_spectre_fft(self, image_sommee):
# on fait d'abord la fft
freq = np.fft.fftfreq(image_sommee.shape[0])
sp = np.fft.fft(image_sommee)[freq >= 0]
freq = freq[freq >= 0]
# affichage du module de la fft
self.plotFourier.clear()
self.plotFourier.setData(y=np.abs(sp))
# affichage de la phase de la fft
pic_position = int(self.cursor.value())
# print(pic_position)
phase = np.angle(sp[pic_position])
if len(self.phase_vector) == 0:
self.phase_vector.append(phase)
else:
self.phase_vector.append(np.unwrap([self.phase_vector[-1], phase])[-1]) # l'opération unwrap permet d'éviter les "sauts de phases entre +pi et -pi"
self.plotView4.clear()
self.plotView4.plot(self.phase_vector)
def video_get_next_frame(self):
"""
:comment: à l'init: self.index_image_in_video = - 1
self.infex_of_chunk = -1
"""
self.index_image_in_video = (self.index_image_in_video + 1) % self.taille_des_blocs
# création des chunks à load en mémoire (on "découpe" les fichiers que l'on extrait)
if self.index_image_in_video == 0 and self.index_of_chunk*self.taille_des_blocs < len(self.huge_data_h5py): # on doit créer un new chunk
self.index_of_chunk += 1
self.image_from_hdf5_to_use = self.huge_data_h5py[self.index_of_chunk * self.taille_des_blocs : min(len(self.huge_data_h5py), (self.index_of_chunk + 1)*self.taille_des_blocs)]
# print(self.index_image_in_video)
return self.image_from_hdf5_to_use[self.index_image_in_video]
def save_roi(self):
print("[INFO] Sauvegarde de la ROI dans le fichier: ")
state = self.roi.saveState()
path_for_save = os.getcwd() + r'\ROI_do_not_erase'
print(path_for_save)
with open(path_for_save, 'wb') as f_save:
pickle.dump(state, f_save)
print("[INFO] ROI sauvegardée!")
def get_roi_from_file(self):
print("[INFO] Extraction de la ROI dans le fichier: ")
path_for_roi = os.getcwd() + r'\ROI_do_not_erase'
if os.path.isfile(path_for_roi):
with open(path_for_roi, 'rb') as f_roi:
state = pickle.load(f_roi)
print(state)
self.roi.setState(state)
print("[INFO] ROI mise à jour!")
else:
print("[ERROR] Le fichier demandé n'existe pas. Il faut refaire la ROI à la main.")
def closeEvent(self, event):
self.cam.close()
if use_webcam:
self.cap.release()
event.accept()
if __name__ == "__main__":
app = qt.QApplication(sys.argv)
mainWindow = MainWindow()
mainWindow.show()
sys.exit(app.exec_())