compile error about tbb

[shengxingdong]

I intalled tbb from https://github.com/wjakob/tbb
but there are still some link errors. how to intall it?

[benjisympa]

Hi, I have the same problem on Ubuntu 14.04 with no GPU (I have also comment the line for #ifdef CPU_ONLY in src/caffe/layers/pca_layer.cpp), OpenCV 3.2 and python 2.7 :
Thank you for your answer.

[100%] Building CXX object python/CMakeFiles/pycaffe.dir/caffe/_caffe.cpp.o
Linking CXX executable device_query
[100%] Built target device_query
Linking CXX executable compute_image_mean
Linking CXX executable cifar10/convert_cifar_data
Linking CXX executable siamese/convert_mnist_siamese_data
Linking CXX executable mnist/convert_mnist_data
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/compute_image_mean] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/compute_image_mean.dir/all] Erreur 2
make[1]: *** Attente des tâches non terminées....
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [examples/mnist/convert_mnist_data] Erreur 1
make[1]: *** [examples/CMakeFiles/convert_mnist_data.dir/all] Erreur 2
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : .référence./lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
indéfinie vers « tbb:collect2: error: ld returned 1 exit status
:internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [examples/siamese/convert_mnist_siamese_data] Erreur 1
make[1]: *** [examples/CMakeFiles/convert_mnist_siamese_data.dir/all] Erreur 2
make[2]: *** [examples/cifar10/convert_cifar_data] Erreur 1
make[1]: *** [examples/CMakeFiles/convert_cifar_data.dir/all] Erreur 2
Linking CXX executable convert_imageset
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/convert_imageset] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/convert_imageset.dir/all] Erreur 2
Linking CXX executable test_net
Linking CXX executable train_net
Linking CXX executable finetune_net
[100%] Built target test_net
Linking CXX executable upgrade_net_proto_binary
[100%] Built target train_net
Linking CXX executable net_speed_benchmark
[100%] Linking CXX executable upgrade_net_proto_text
Built target finetune_net
[100%] Built target net_speed_benchmark
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/upgrade_net_proto_binary] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/upgrade_net_proto_binary.dir/all] Erreur 2
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/upgrade_net_proto_text] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/upgrade_net_proto_text.dir/all] Erreur 2
Linking CXX executable extract_features
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/extract_features] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/extract_features.dir/all] Erreur 2
Linking CXX executable cpp_classification/classification
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [examples/cpp_classification/classification] Erreur 1
make[1]: *** [examples/CMakeFiles/classification.dir/all] Erreur 2
Linking CXX executable caffe
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_push(void const*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Allocate(unsigned long, unsigned long, void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::NFS_Free(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::throw_exception_v4(tbb::internal::exception_id) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::user_abort »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop_if_present(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « typeinfo for tbb::internal::concurrent_queue_base_v3 »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::concurrent_queue_base_v3(unsigned long) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_empty() const »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_finish_clear() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_abort() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_pop(void*) »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::~concurrent_queue_base_v3() »
../lib/libcaffe.so : référence indéfinie vers « tbb::internal::concurrent_queue_base_v3::internal_set_capacity(long, unsigned long) »
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[2]: *** [tools/caffe] Erreur 1
make[1]: *** [tools/CMakeFiles/caffe.bin.dir/all] Erreur 2
Linking CXX shared library ../lib/_caffe.so

[jsupancic]

Could you post the actual command that's failing? Try make VERBOSE=1 -j1 then post the actual command (should probably start with g++ or ld) that produces the error?

I suspect, either (1) you're using too new a version of TBB (I used 2015, looks like that repo uses a 2017 version) or (2) the paths aren't getting setup right... which knowing the command should help us diagnose.

Best wishes,
James

[benjisympa]

Thank you for your answer.
I install the official version of TBB on Ubuntu 14.04.
I think that I've solved the problem by adding theses lines in deep_hand_pose/src/caffe/CMakeLists.txt :
FIND_PACKAGE(TBB 4.2 REQUIRED)
INCLUDE_DIRECTORIES(${TBB_INCLUDE_DIRS})
add_definitions(${TBB_DEFINITIONS})

#TARGET_LINK_LIBRARIES(Caffe ${OpenCV_LIBS} ${TBB_LIBRARIES})

target_link_libraries(caffe proto ${TBB_LIBRARIES} ${Caffe_LINKER_LIBS} ${Boost_LIBRARIES})

and also by adding theses lines in CMakeLists.txt :

FIND_PACKAGE(TBB 4.2 REQUIRED)
INCLUDE_DIRECTORIES(${TBB_INCLUDE_DIRS})
add_definitions(${TBB_DEFINITIONS})

[benjisympa]

But now, I have an __cxa_throw() exception and I don't know why (I've read stackoverflow and typically it's a problem with pthread, but it was found during the installation), if you have an idea ? :

layer {
name: "ignore"
type: "Silence"
bottom: "index"
bottom: "heatmap"
}
layer {
name: "loss"
type: "EuclideanLoss"
bottom: "label"
bottom: "keypoint_predictions"
top: "loss"
loss_weight: 1
}
I0118 16:56:03.603484 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer DataSrc
batch_size = 64
!HandDataLayer::HandDataLayer!

I0118 16:56:03.625819 6559 net.cpp:110] Creating Layer DataSrc
I0118 16:56:03.625885 6559 net.cpp:433] DataSrc -> data
I0118 16:56:03.625933 6559 net.cpp:433] DataSrc -> label
I0118 16:56:03.625952 6559 net.cpp:433] DataSrc -> index
I0118 16:56:03.625964 6559 net.cpp:433] DataSrc -> heatmap
batch_size = 64
I0118 16:56:03.625994 6559 hand_data_layer.cpp:130] output data size: 64,1,128,128
I0118 16:56:03.626009 6559 net.cpp:155] Setting up DataSrc
I0118 16:56:03.626029 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 1 128 128 (1048576)
I0118 16:56:03.626037 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 28 1 1 (1792)
I0118 16:56:03.626045 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 1 1 1 (64)
I0118 16:56:03.626052 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 14 18 18 (290304)
I0118 16:56:03.626062 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer conv1
I0118 16:56:03.626085 6559 net.cpp:110] Creating Layer conv1
I0118 16:56:03.626094 6559 net.cpp:477] conv1 <- data
I0118 16:56:03.626112 6559 net.cpp:433] conv1 -> conv1
I0118 16:56:03.626854 6559 net.cpp:155] Setting up conv1
I0118 16:56:03.629004 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 124 124 (7872512)
I0118 16:56:03.629104 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer pool1
I0118 16:56:03.629149 6559 net.cpp:110] Creating Layer pool1
I0118 16:56:03.629173 6559 net.cpp:477] pool1 <- conv1
I0118 16:56:03.629194 6559 net.cpp:433] pool1 -> pool1
I0118 16:56:03.629312 6559 net.cpp:155] Setting up pool1
I0118 16:56:03.629344 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 62 62 (1968128)
I0118 16:56:03.629359 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer reluA
I0118 16:56:03.629381 6559 net.cpp:110] Creating Layer reluA
I0118 16:56:03.629397 6559 net.cpp:477] reluA <- pool1
I0118 16:56:03.629415 6559 net.cpp:419] reluA -> pool1 (in-place)
I0118 16:56:03.629446 6559 net.cpp:155] Setting up reluA
I0118 16:56:03.629463 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 62 62 (1968128)
I0118 16:56:03.629477 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer conv2
I0118 16:56:03.629506 6559 net.cpp:110] Creating Layer conv2
I0118 16:56:03.629528 6559 net.cpp:477] conv2 <- pool1
I0118 16:56:03.629549 6559 net.cpp:433] conv2 -> conv2
I0118 16:56:03.629645 6559 net.cpp:155] Setting up conv2
I0118 16:56:03.629676 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 58 58 (1722368)
I0118 16:56:03.629701 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer pool2
I0118 16:56:03.629722 6559 net.cpp:110] Creating Layer pool2
I0118 16:56:03.629736 6559 net.cpp:477] pool2 <- conv2
I0118 16:56:03.629752 6559 net.cpp:433] pool2 -> pool2
I0118 16:56:03.629775 6559 net.cpp:155] Setting up pool2
I0118 16:56:03.629792 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 29 29 (430592)
I0118 16:56:03.629806 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer reluB
I0118 16:56:03.629822 6559 net.cpp:110] Creating Layer reluB
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//joint_1_u.csv
I0118 16:56:03.629838 6559 net.cpp:477] reluB <- pool2
I0118 16:56:03.630101 6559 net.cpp:419] reluB -> pool2 (in-place)
I0118 16:56:03.630240 6559 net.cpp:155] Setting up reluB
I0118 16:56:03.630357 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 29 29 (430592)
I0118 16:56:03.630539 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer conv3
I0118 16:56:03.630645 6559 net.cpp:110] Creating Layer conv3
I0118 16:56:03.630666 6559 net.cpp:477] conv3 <- pool2
I0118 16:56:03.630684 6559 net.cpp:433] conv3 -> conv3
I0118 16:56:03.630758 6559 net.cpp:155] Setting up conv3
I0118 16:56:03.630821 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 25 25 (320000)
I0118 16:56:03.630842 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer reluC
I0118 16:56:03.630861 6559 net.cpp:110] Creating Layer reluC
I0118 16:56:03.630872 6559 net.cpp:477] reluC <- conv3
I0118 16:56:03.630897 6559 net.cpp:419] reluC -> conv3 (in-place)
I0118 16:56:03.630924 6559 net.cpp:155] Setting up reluC
I0118 16:56:03.630940 6559 net.cpp:163] Top shape: 64 8 25 25 (320000)
I0118 16:56:03.630954 6559 layer_factory.hpp:76] Creating layer ip1
I0118 16:56:03.631055 6559 net.cpp:110] Creating Layer ip1
I0118 16:56:03.631074 6559 net.cpp:477] ip1 <- conv3
I0118 16:56:03.631099 6559 net.cpp:433] ip1 -> ip1
[New Thread 0x7fffea839700 (LWP 6563)]
[New Thread 0x7fffea038700 (LWP 6564)]
[New Thread 0x7fffe9436700 (LWP 6565)]
[New Thread 0x7fffe8834700 (LWP 6566)]
[Switching to Thread 0x7fffea839700 (LWP 6563)]
Catchpoint 1 (exception thrown), 0x00007ffff69d18b0 in __cxa_throw () from /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
A debugging session is active.

Inferior 1 [process 6559] will be killed.

Quit anyway? (y or n)

I've also tried with caffe in docker mode but I have an unknow error in the stack trace.
For the command, I've followed your instructions, so I compiled with cmake and launched gdb like in train.sh.

Sincerly yours,
Benjamin

[jsupancic]

Instead of quitting, try hitting 'n' and then entering 'bt' for backtrace at the gdb prompt. Then post the resulting stack trace... it should give us some insight.

[benjisympa]

It's different now, I have a problem, I haven't all the .csv. Are there another .csv to download ?
Thank you.

I0120 10:32:19.765781 28676 net.cpp:298] Memory required for data: 74970888
I0120 10:32:19.765894 28676 solver.cpp:66] Solver scaffolding done.
I0120 10:32:19.765947 28676 caffe.cpp:212] Starting Optimization
I0120 10:32:19.765959 28676 solver.cpp:294] Solving HandPoseHM
I0120 10:32:19.765969 28676 solver.cpp:295] Learning Rate Policy: inv
I0120 10:32:19.791790 28676 solver.cpp:347] Iteration 0, Testing net (#0)
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//joint_1_d.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_u.csv
error: failed to open /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_u.csv
--read_csv_double: [0 x 0]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_v.csv
error: failed to open /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_v.csv
--read_csv_double: [0 x 0]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_d.csv
error: failed to open /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_d.csv
--read_csv_double: [0 x 0]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//test_predictions_u.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//test_predictions_v.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
[New Thread 0x7fffea839700 (LWP 28680)]
[New Thread 0x7fffea038700 (LWP 28681)]
[New Thread 0x7fffe9436700 (LWP 28682)]
[New Thread 0x7fffe3fff700 (LWP 28683)]
[New Thread 0x7fffe17a0700 (LWP 28684)]
[New Thread 0x7fffe0f9f700 (LWP 28685)]
[New Thread 0x7fffcffff700 (LWP 28686)]
[New Thread 0x7fffcf7fe700 (LWP 28687)]

Program received signal SIGFPE, Arithmetic exception.
[Switching to Thread 0x7fffea839700 (LWP 28680)]
0x00007ffff79f202c in jvl::load_nyu_datum(std::string const&, int) () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
A debugging session is active.

Inferior 1 [process 28676] will be killed.

Quit anyway? (y or n) n
Not confirmed.
(gdb) bt
#0 0x00007ffff79f202c in jvl::load_nyu_datum(std::string const&, int) () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
#1 0x00007ffff7a6c218 in caffe::HandDataLayerPrivate::producer() () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
#2 0x00007ffff7a6de71 in std::thread::_Impl<std::_Bind_simple<caffe::HandDataLayerPrivate::HandDataLayerPrivate(int, std::string const&)::{lambda()#1} ()> >::_M_run() () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
#3 0x00007ffff6a24a60 in ?? () from /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
#4 0x00007ffff5b34184 in start_thread (arg=0x7fffea839700) at pthread_create.c:312
#5 0x00007ffff649237d in clone () at ../sysdeps/unix/sysv/linux/x86_64/clone.S:111
(gdb) q
A debugging session is active.

Inferior 1 [process 28676] will be killed.

Quit anyway? (y or n) y
leonie@leonie-ThinkPad-L540 ~/deep_hand_pose $ ls nyu_csv_annotations/test/ | grep ".csv"
joint_1_d.csv
joint_1_u.csv
joint_1_v.csv
test_predictions_u.csv
test_predictions_v.csv

[benjisympa]

Ok, the train works, just in your instructions there is an error with train, it's "cp nyu_csv_annotations/train/*.csv /mnt/data/NYU-Hands-v2/train/".

But, just after the test, I have an error. Maybe a bad compilation with pthread ?

I0120 11:56:31.675287 30564 solver.cpp:347] Iteration 0, Testing net (#0)
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//joint_1_d.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_u.csv
--read_csv_double: [37 x 72757]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_v.csv
--read_csv_double: [37 x 72757]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//train//train_d.csv
--read_csv_double: [37 x 72757]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//test_predictions_u.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
++read_csv_double: /mnt/data/NYU-Hands-v2//test//test_predictions_v.csv
--read_csv_double: [37 x 8252]
I0120 11:57:04.214550 30564 solver.cpp:415] Test net output #0: accuracy = 0.856293
I0120 11:57:04.215598 30564 solver.cpp:415] Test net output #1: loss = 4485.16 (* 1 = 4485.16 loss)
I0120 11:57:05.764050 30564 solver.cpp:243] Iteration 0, loss = 5682.16
I0120 11:57:05.764106 30564 solver.cpp:259] Train net output #0: loss = 5682.16 (* 1 = 5682.16 loss)
I0120 11:57:05.764144 30564 solver.cpp:590] Iteration 0, lr = 5e-06
I0120 11:57:48.229879 30564 solver.cpp:243] Iteration 25, loss = 5387.68
I0120 11:57:48.230145 30564 solver.cpp:259] Train net output #0: loss = 4870.47 (* 1 = 4870.47 loss)
I0120 11:57:48.230181 30564 solver.cpp:590] Iteration 25, lr = 4.99065e-06
I0120 11:58:24.442348 30564 solver.cpp:468] Snapshotting to binary proto file out/network_iter_50.caffemodel
I0120 11:58:24.704654 30564 solver.cpp:753] Snapshotting solver state to binary proto file out/network_iter_50.solverstate
I0120 11:58:24.799126 30564 solver.cpp:347] Iteration 50, Testing net (#0)
I0120 11:58:31.938609 30564 solver.cpp:415] Test net output #0: accuracy = 0.596095
I0120 11:58:31.938803 30564 solver.cpp:415] Test net output #1: loss = 2161.22 (* 1 = 2161.22 loss)
I0120 11:58:33.443783 30564 solver.cpp:243] Iteration 50, loss = 3946.94
I0120 11:58:33.443841 30564 solver.cpp:259] Train net output #0: loss = 3558.72 (* 1 = 3558.72 loss)
I0120 11:58:33.443857 30564 solver.cpp:590] Iteration 50, lr = 4.98133e-06
I0120 11:59:12.800185 30564 solver.cpp:243] Iteration 75, loss = 3299.95
I0120 11:59:12.801255 30564 solver.cpp:259] Train net output #0: loss = 3489.21 (* 1 = 3489.21 loss)
I0120 11:59:12.801362 30564 solver.cpp:590] Iteration 75, lr = 4.97206e-06
I0120 11:59:49.226238 30564 solver.cpp:468] Snapshotting to binary proto file out/network_iter_100.caffemodel
I0120 11:59:49.455024 30564 solver.cpp:753] Snapshotting solver state to binary proto file out/network_iter_100.solverstate
I0120 11:59:49.994309 30564 solver.cpp:327] Iteration 100, loss = 2937.72
I0120 11:59:49.994355 30564 solver.cpp:347] Iteration 100, Testing net (#0)
I0120 11:59:56.404495 30564 solver.cpp:415] Test net output #0: accuracy = 0.573024
I0120 11:59:56.404702 30564 solver.cpp:415] Test net output #1: loss = 2019.26 (* 1 = 2019.26 loss)
I0120 11:59:56.404813 30564 solver.cpp:332] Optimization Done.
I0120 11:59:56.404914 30564 caffe.cpp:215] Optimization Done.
terminate called without an active exception
56 ../nptl/sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c: Aucun fichier ou dossier de ce type.
[New Thread 0x7fffea839700 (LWP 30568)]
[New Thread 0x7fffea038700 (LWP 30569)]
[New Thread 0x7fffe9436700 (LWP 30570)]
[New Thread 0x7fffe8834700 (LWP 30571)]
[New Thread 0x7fffd99e7700 (LWP 30572)]
[New Thread 0x7fffd91e6700 (LWP 30573)]
[New Thread 0x7fffcbfff700 (LWP 30574)]
[New Thread 0x7fffcb7fe700 (LWP 30575)]
[New Thread 0x7fffca7fb700 (LWP 30578)]
[New Thread 0x7fffc9ffa700 (LWP 30579)]
[New Thread 0x7fffc923a700 (LWP 30580)]
[New Thread 0x7fffc0e6d700 (LWP 30581)]
[New Thread 0x7fffbab75700 (LWP 30582)]
[New Thread 0x7fffba374700 (LWP 30583)]
[New Thread 0x7fffb9b73700 (LWP 30584)]
[New Thread 0x7fffb9372700 (LWP 30585)]

Program received signal SIGABRT, Aborted.
0x00007ffff63cec37 in __GI_raise (sig=sig@entry=6) at ../nptl/sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:56
A debugging session is active.

Inferior 1 [process 30564] will be killed.

Quit anyway? (y or n) n
Not confirmed.
(gdb) bt
#0 0x00007ffff63cec37 in __GI_raise (sig=sig@entry=6) at ../nptl/sysdeps/unix/sysv/linux/raise.c:56
#1 0x00007ffff63d2028 in __GI_abort () at abort.c:89
#2 0x00007ffff69d3535 in __gnu_cxx::__verbose_terminate_handler() () from /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
#3 0x00007ffff69d16d6 in ?? () from /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
#4 0x00007ffff69d1703 in std::terminate() () from /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6
#5 0x00007ffff7a71235 in caffe::HandDataLayer::~HandDataLayer() () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
#6 0x00007ffff7a71249 in caffe::HandDataLayer::~HandDataLayer() () from /home/leonie/deep_hand_pose/build/lib/libcaffe.so
#7 0x000000000040eb70 in caffe::Net::~Net() ()
#8 0x000000000040ed99 in caffe::Net::~Net() ()
#9 0x0000000000411a4e in caffe::Solver::~Solver() ()
#10 0x0000000000411f37 in caffe::SGDSolver::~SGDSolver() ()
#11 0x000000000040d5ee in boost::detail::sp_counted_base::release() ()
#12 0x000000000040b2ec in train() ()
#13 0x0000000000409091 in main ()
(gdb) q
A debugging session is active.

Inferior 1 [process 30564] will be killed.

Quit anyway? (y or n) y

Thank you.

[K3Y4NG]

@shengxingdong @benjisympa Do you have the pre-trained model, network_iter_15000.caffemodel, I couldn't find it