diff --git a/Release/dreqPy/docs/CMIP6_MIP_tables.xlsx b/Release/dreqPy/docs/CMIP6_MIP_tables.xlsx index b8deba8..c7598ce 100644 Binary files a/Release/dreqPy/docs/CMIP6_MIP_tables.xlsx and b/Release/dreqPy/docs/CMIP6_MIP_tables.xlsx differ diff --git a/Release/dreqPy/docs/dreq.xml b/Release/dreqPy/docs/dreq.xml index 33eec33..b873a87 100644 --- a/Release/dreqPy/docs/dreq.xml +++ b/Release/dreqPy/docs/dreq.xml @@ -1,19733 +1,20277 @@ -Draft CMIP6 Data Request [01.00.25] +Draft CMIP6 Data Request [01.00.27] The CMIP6 Data Request will specify the variables requested for the CMIP6 archive, and the detail the experiments and time slices for which they are required. Martin Juckes -2018-06-20 -01.00.25 +2018-07-25 +CF Standard Name table; CMIP6 Controlled Vocabularies; ESDOC CMIP6 Experiment Documentation +01.00.27
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- - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + + - - - - + + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - - - - + + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + - - - + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - + - - + + + + + + diff --git a/Release/dreqPy/docs/dreq2Sample.xml b/Release/dreqPy/docs/dreq2Sample.xml index 5952d2a..e5185b4 100644 --- a/Release/dreqPy/docs/dreq2Sample.xml +++ b/Release/dreqPy/docs/dreq2Sample.xml @@ -6,125 +6,126 @@ xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:pav="http://purl.org/pav/2.3" xmlns="urn:w3id.org:cmip6.dreq.dreq:a"> -Draft CMIP6 Data Request [01.00.25] +Draft CMIP6 Data Request [01.00.27] The CMIP6 Data Request will specify the variables requested for the CMIP6 archive, and the detail the experiments and time slices for which they are required. Martin Juckes -2018-06-20 -01.00.25 +2018-07-25 +CF Standard Name table; CMIP6 Controlled Vocabularies; ESDOC CMIP6 Experiment Documentation +01.00.27
- + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - + - +
- + - + - + diff --git a/Release/dreqPy/docs/dreqPy.pdf b/Release/dreqPy/docs/dreqPy.pdf index 7d6dfaa..0aca69c 100644 Binary files a/Release/dreqPy/docs/dreqPy.pdf and b/Release/dreqPy/docs/dreqPy.pdf differ diff --git a/Release/dreqPy/docs/dreqSupp.xml b/Release/dreqPy/docs/dreqSupp.xml index 6a5f3ef..667a542 100644 --- a/Release/dreqPy/docs/dreqSupp.xml +++ b/Release/dreqPy/docs/dreqSupp.xml @@ -1,126 +1,127 @@ -CMIP6 Data Request Supplement [01.00.25] +CMIP6 Data Request Supplement [01.00.27] The CMIP6 Data Request will specify the variables requested for the CMIP6 archive, and the detail the experiments and time slices for which they are required. Martin Juckes -2018-06-20 -01.00.25 +2018-07-26 +CF Standard Name table; CMIP6 Controlled Vocabularies; ESDOC CMIP6 Experiment Documentation +01.00.27
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff --git a/Release/dreqPy/dreq.py b/Release/dreqPy/dreq.py index 956eba8..398a500 100644 --- a/Release/dreqPy/dreq.py +++ b/Release/dreqPy/dreq.py @@ -8,10 +8,10 @@ import xml.dom.minidom import re, shelve, os, sys try: - from __init__ import DOC_DIR, version, PACKAGE_DIR + from __init__ import DOC_DIR, version, PACKAGE_DIR, VERSION_DIR import utilities except: - from dreqPy.__init__ import DOC_DIR, version, PACKAGE_DIR + from dreqPy.__init__ import DOC_DIR, version, PACKAGE_DIR, VERSION_DIR from dreqPy import utilities python2 = True @@ -82,8 +82,6 @@ class dreqItem(dreqItemBase): dreqItem.ns = ns return dreqItem - - ## ## from http://stackoverflow.com/questions/4474754/how-to-keep-comments-while-parsing-xml-using-python-elementtree ## @@ -153,6 +151,7 @@ class dreqItemBase(object): _linkAttrStyle = {} __charmeEnable__ = {} _extraHtml = {} + _strictRequired = False def __init__(self,idict=None,xmlMiniDom=None,id='defaultId',etree=False): self._strictRead = True @@ -168,7 +167,11 @@ def __init__(self,idict=None,xmlMiniDom=None,id='defaultId',etree=False): if dictMode: self.dictInit( idict ) elif mdMode: - self.mdInit( xmlMiniDom, etree=etree ) + try: + self.mdInit( xmlMiniDom, etree=etree ) + except: + print ('Exception raise initialising data request item') + raise def hasattr(self,tag): """Return True id the argument passed is the name of an attribute of this instance.""" @@ -381,6 +384,8 @@ def mdInit( self, el, etree=False ): tvtl.append( (a,True,None) ) else: tvtl.append( (a,False,None) ) + if self._strictRequired: + assert False, 'Required attribute absent: %s:: %s' % (a,str(el.__dict__)) else: for a in self._a.keys(): if el.hasAttribute( a ): @@ -478,7 +483,7 @@ def mdInit( self, el, etree=False ): class config(object): """Read in a vocabulary collection configuration document and a vocabulary document""" - def __init__(self, configdoc='out/dreqDefn.xml', thisdoc='../workbook/trial_20150724.xml', manifest=None, useShelve=False, strings=False,configOnly=False): + def __init__(self, configdoc='out/dreqDefn.xml', thisdoc='../workbook/trial_20150724.xml', manifest=None, useShelve=False, strings=False,configOnly=False,lxml=False): self.rc = rechecks() self.lu = lutilsC() self.silent = True @@ -500,6 +505,7 @@ def __init__(self, configdoc='out/dreqDefn.xml', thisdoc='../workbook/trial_2015 self.ttl2 = [] self.docs = {} self.version = None + self.useLxml = lxml if manifest != None: assert os.path.isfile( manifest ), 'Manifest file not found: %s' % manifest @@ -547,17 +553,29 @@ def __read__(self, thisdoc, configdoc): self.ns = None if not self.configOnly: if self.etree: - import xml.etree.cElementTree as cel + if self.useLxml: + import lxml + import lxml.etree as et + else: + import xml.etree.cElementTree as cel if not pythonPre27: ## this for of namespace registration not available in 2.6 ## absence of registration means module cannot write data exactly as read. ## - cel.register_namespace('', "urn:w3id.org:cmip6.dreq.dreq:a") - cel.register_namespace('pav', "http://purl.org/pav/2.3") + if self.useLxml: + ##et.register_namespace('', "urn:w3id.org:cmip6.dreq.dreq:a") + et.register_namespace('pav', "http://purl.org/pav/2.3") + else: + cel.register_namespace('', "urn:w3id.org:cmip6.dreq.dreq:a") + cel.register_namespace('pav', "http://purl.org/pav/2.3") if not self.strings: - if python2: + if self.useLxml: + ##parser = etree.XMLParser( remove_blank_text=True ) + ##self.contentDoc = et.parse( self.vsamp, parser ) + self.contentDoc = et.parse( self.vsamp ) + elif python2: parser = getParser()() self.contentDoc = cel.parse( self.vsamp, parser=parser ) else: @@ -680,7 +698,12 @@ def __read__(self, thisdoc, configdoc): self.tables[k] = (i,t,len(il)) for i in il: - ii = self.tableClasses[k](xmlMiniDom=i, etree=True) + try: + ii = self.tableClasses[k](xmlMiniDom=i, etree=True) + except: + print ('Exception raises instantiating item in section %s' % k) + print ('At item uid=%s' % str(i) ) + raise self.tableItems[k].append( ii ) elif len(vl) > 1: assert False, 'not able to handle repeat sections with etree yet' @@ -914,15 +937,24 @@ class loadDreq(object): configdoc: full path to associated configuration document useShelve: flag to specify whether to retrieve data from cache (not implemented) htmlStyles: dictionary of styling directives which influence structure of html page generates by the "makeHtml" method + lxml [False]: if true, use python lxml package for elementree module instead of the default xml package. """ - def __init__(self,dreqXML=None, configdoc=None, useShelve=False, htmlStyles=None, strings=False, manifest=defaultManifestPath , configOnly=False): - if manifest == None: + def __init__(self, xmlVersion=None, dreqXML=None, configdoc=None, useShelve=False, htmlStyles=None, strings=False, manifest=defaultManifestPath , configOnly=False,lxml=False): + self._extensions_ = {} + if xmlVersion != None: + assert os.path.isdir( VERSION_DIR ),'Version diretory %s not found;\nCreate or change environment variable DRQ_VERSION_DIR' % VERSION_DIR + assert os.path.isdir( '%s/%s' % (VERSION_DIR,xmlVersion) ), 'Version %s not in %s .. download from ..' % (xmlVersion,VERSION_DIR) + dreqXML='%s/%s/dreq.xml' % (VERSION_DIR,xmlVersion) + configdoc='%s/%s/dreq2Defn.xml' % (VERSION_DIR,xmlVersion) + manifest = None + elif manifest == None: if dreqXML == None: dreqXML=defaultDreqPath if configdoc==None: configdoc=defaultConfigPath - self.c = config( thisdoc=dreqXML, configdoc=configdoc, useShelve=useShelve,strings=strings,manifest=manifest,configOnly=configOnly) + self._VERSION_DIR_ = VERSION_DIR + self.c = config( thisdoc=dreqXML, configdoc=configdoc, useShelve=useShelve,strings=strings,manifest=manifest,configOnly=configOnly,lxml=lxml) self.coll = self.c.coll self.version = self.c.version self.softwareVersion = version diff --git a/Release/dreqPy/dreqCmdl.py b/Release/dreqPy/dreqCmdl.py index 9531059..40e6077 100644 --- a/Release/dreqPy/dreqCmdl.py +++ b/Release/dreqPy/dreqCmdl.py @@ -22,10 +22,11 @@ def main_entry(): if sys.argv[1] == '-v': if scr: - from packageConfig import __version__, __versionComment__ + from packageConfig import __version__, __versionComment__, PACKAGE_DIR else: - from .packageConfig import __version__, __versionComment__ + from .packageConfig import __version__, __versionComment__, PACKAGE_DIR print( 'dreqPy version %s [%s]' % (__version__,__versionComment__) ) + print( 'Installed in %s' % PACKAGE_DIR ) print( 'Running in python %s' % str( sys.version_info ) ) elif sys.argv[1] == '--unitTest': print( "Starting test suite 1" ) diff --git a/Release/dreqPy/extensions/__init__.py b/Release/dreqPy/extensions/__init__.py new file mode 100644 index 0000000..b7df78a --- /dev/null +++ b/Release/dreqPy/extensions/__init__.py @@ -0,0 +1 @@ +"""A collection of extensions to the core functionality""" diff --git a/Release/dreqPy/extensions/collect.py b/Release/dreqPy/extensions/collect.py new file mode 100644 index 0000000..c75c2bd --- /dev/null +++ b/Release/dreqPy/extensions/collect.py @@ -0,0 +1,271 @@ +"""collect: extensions to create frequently used collections of objects.""" + +import collections + + +def _expt__requestItem(self): + """Return set of request item item identifiers for request items linked directly or indirectly to this experiment""" + + s = set() + for u in [self.uid,self.mip,self.egid]: + if 'requestItem' in self._inx.uid[u].a: + for x in self._inx.uid[u].a['requestItem']: + s.add(x) + return s + + +def _requestItem__expt(self,tierMax=None,esid=None): + """Return set of experiment item identifiers for experiments linked directly or indirectly to this requestItem: + tierMax: maximum experiment tier: if set, only return experiments with tier <= tierMax; + esid: set of esid values: if set, return experiments for specified set, rather than self.esid""" + + assert self._h.label == 'requestItem', 'collect._requestItem__expt attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + + if esid != None: + es = self._inx.uid[esid] + else: + es = self._inx.uid[self.esid] + s = set() + +### +### checking tierMax and treset. If tierMax is None, there is nothing to do. +### otherwise, return empty or full list (tierResetPass True) depending on relation between treset and tiermax. + + tierResetPass = False + if esid == None and 'treset' in self.__dict__ and tierMax != None: + if tierMax <= self.treset: + return s + else: + tierResetPass = True + + if es._h.label == 'experiment': + if tierMax == None or tierResetPass or es.tier[0] <= tierMax: + s.add(es.uid) + elif es._h.label in ['exptgroup','mip']: + if 'experiment' in self._inx.iref_by_sect[es.uid].a: + for id in self._inx.iref_by_sect[es.uid].a['experiment']: + s.add(id) + if not( tierMax == None or tierResetPass ): + s = set( [x for x in s if self._inx.uid[x].tier[0] <= tierMax] ) + return s + +def _requestLink__expt(self,tierMax=None, rql=None): + """Return set of experiment item identifiers for experiments linked to this requestLink: + tierMax: maximum experiment tier: if set, only return experiments with tier <= tierMax; + rql: set of requestLink uid values: if set, return experiments for specified set.""" + assert self._h.label == 'requestLink', 'collect._requestLink__expt attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + s = set() + if rql == None: + rql = [self.uid,] + +## generate set of "esid" values (pointing to experiments, experiment groups, or MIPs) + sesid = collections.defaultdict( set ) + rqil = [] + for u in rql: + if 'requestItem' in self._inx.iref_by_sect[u].a: + for id in self._inx.iref_by_sect[u].a['requestItem']: + rqil.append( id ) + rqi = self._inx.uid[id] +## +## if a "treset" value is encountered and the reset value passes the filter, indicate with a value "1", and this will prevent later +## filtering on experiment tier; +## + if tierMax == None or 'treset' not in rqi.__dict__ or rqi.treset < 0: + sesid[self._inx.uid[id].esid ].add( 0 ) + elif rqi.treset <= tierMax: + sesid[self._inx.uid[id].esid ].add( 1 ) + + if len( rqil ) > 0: + rqi = self._inx.uid[rqil[0]] + +## flatten to list of experiments. + for u in sesid: + if 1 in sesid[u]: + thisTierMax = None + else: + thisTierMax = tierMax + + for x in rqi._get__expt(tierMax=thisTierMax,esid=u): + s.add( x ) + return s + +def _mip__expt(self,tierMax=None,mips=None): + """Return set of experiment item identifiers for experiments linked to this mip: + tierMax: maximum experiment tier: if set, only return experiments with tier <= tierMax; + mips: set of mip uid values: if set, return experiments for specified set.""" + + assert self._h.label == 'mip', 'collect._mip__expt attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + s = set() + if mips == None: + mips = [self.uid,] + + for u in mips: + if 'requestLink' in self._inx.iref_by_sect[u].a: + for id in self._inx.iref_by_sect[self.uid].a['requestLink']: + rl = self._inx.uid[id] + xx = rl._get__expt() + for x in xx: + s.add( x ) + return s + +def _mip__CMORvar(self,mips=None,pmax=None): + """Return set of CMORvar item identifiers for CMORvar linked to this mip: + pmax: maximum variable priority: if set, only return variables requested with priority <= pmax; + mips: set of mip uid values: if set, return variables for specified set.""" + assert self._h.label == 'mip', 'collect._mip__CMORvar attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + s = set() + if mips == None: + mips = [self.uid,] + + for u in mips: + if 'requestLink' in self._inx.iref_by_sect[u].a: + for id in self._inx.iref_by_sect[self.uid].a['requestLink']: + for x in self._inx.uid[id]._get__CMORvar(pmax=pmax): + s.add( x ) + return s + +def _requestLink__CMORvar(self,rql=None,pmax=None): + """Return set of CMORvar item identifiers for CMORvar linked to this requestLink, or to set of requestlinks in argument rql: + pmax: maximum variable priority: if set, only return variables requested with priority <= pmax; + rql: set of requestLink uid values: if set, return variables for specified set.""" + + assert self._h.label == 'requestLink', 'collect._requestLink__CMORvar attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + s = set() + + if rql == None: + rql = [self.uid,] + +## get set of requestVarGroups + rvg = set( [self._inx.uid[u].refid for u in rql] ) + + for u in rvg: + if 'requestVar' in self._inx.iref_by_sect[u].a: + for id in self._inx.iref_by_sect[u].a['requestVar']: + this = self._inx.uid[id] + if pmax == None or this.priority <= pmax: + s.add( this.vid ) + return s + + +def _check__args(x,validItems=['dreqItem_mip',]): + if type(x) == type('x'): + return (1,'str') + elif type(x) == type(u'x'): + return (1,'unicode') + elif type(x) not in [type([]), type((1,))]: + if x.__class__.__name__ in validItems: + return (2,x.__class__.__name__) + else: + return (-2,'Object type not accepted' ) + else: + if all( [type(i) == type('x') for i in x] ): + return (10,'str') + elif all( [type(i) == type(u'x') for i in x] ): + return (10,'unicode') + else: + s = set( [i.__class__.__name__ for i in x] ) + if len(s) > 1: + return (-1,'Multiple object types in list' ) + else: + this = list(s)[0] + if this in validItems: + return (20,this) + else: + return (-3,'Listed object type not accepted' ) + + + +### need dq here ...... or at least timeslice collection object ... +def _timeSlice__compare(self,other): + """Compare two time slices, returning tuple (, , ), with the larger slice if succesful. + If return code is negative, no solution is found. If return code is 2, the slices are disjoint and both returned.""" + + assert self._h.label == 'timeSlice', 'collect._timeSlice__compare attached to wrong object: %s [%s]' % (self._h.title,self._h.label) + if self.label == other.label: + return (0,self,'Slices equal') + + sl = sorted( [self.label, other.label] ) + +## label dict allows look-up of objects by label .... + ee = self._labelDict + + map = {('RFMIP','RFMIP2'):('RFMIPunion', 'Taking union of slices'), + ('RFMIP', 'hist55'):('hist55plus', 'Taking ad-hoc union with extra ...'), + ('RFMIP2', 'hist55'):('hist55plus', 'Taking ad-hoc union with extra ...'), + ('DAMIP20','DAMIP40'):('DAMIP40', 'Taking larger containing slice') } +## +## handle awkward cases +## + if self.type != other.type or self.type == 'dayList': + if tuple( sl ) in map: + targ, msg = map[tuple(sl)] + return (1,ee[targ],msg) + else: + return (-1,None,'Multiple slice types: %s' % sorted(ee.keys())) +### +# if sl in [['piControl030a','piControl200'],['piControl030', 'piControl200']]: +# return (1,ee['piControl200'],'Taking preferred slice (possible alignment issues)') +### +# elif sl == ['piControl030', 'piControl030a']: +# return (1,ee['piControl30'],'Taking preferred slice (possible alignment issues)') +### +# elif sl == ['RFMIP','RFMIP2']: +## +# return (1,ee['RFMIPunion', 'Taking union of slices') +## +# elif sl == ['RFMIP', 'hist55']: +### +# return (1,ee['hist55plus'], 'Taking ad-hoc union with extra ...') +## +# elif sl == ['RFMIP2', 'hist55']: +# return (1,ee['hist55'], 'Taking larger containing slice') +## +# elif sl == ['DAMIP20','DAMIP40']: +# return (1,ee['DAMIP40'], 'Taking larger containing slice') +## + + if not ( self.type in ['simpleRange','relativeRange'] or (len(self.type) > 13 and self.type[:13] == 'branchedYears') ): + return (-2,None,'slice type aggregation not supported') + + sa,ea = (self.start, self.end) + sb,eb = (other.start, other.end ) + if sa <= sb and ea >= eb: + return (1,self, 'Taking largest slice') + if sb <= sa and eb >= ea: + return (1,other, 'Taking largest slice') + if ea < sb or eb < sa: + return (2,(self,other), 'Slices are disjoint') + return (-3,None, 'Overlapping slices') + + +def _append_to_item_list(self,idict): + self._sectionList.append( self.__class__( idict=idict, id='auto' ) ) + +def add(dq): + """Add extensions to data request section classes.""" + dq.coll['mip'].items[0].__class__._get__expt = _mip__expt + dq.coll['experiment'].items[0].__class__._get__requestItem = _expt__requestItem + dq.coll['requestItem'].items[0].__class__._get__expt = _requestItem__expt + dq.coll['requestLink'].items[0].__class__._get__expt = _requestLink__expt + dq.coll['requestLink'].items[0].__class__._get__CMORvar = _requestLink__CMORvar + dq.coll['mip'].items[0].__class__._get__CMORvar = _mip__CMORvar + dq.coll['timeSlice'].items[0].__class__.__compare__ = _timeSlice__compare + for k in dq.coll.keys(): + if len( dq.coll[k].items ) > 0: + dq.coll[k].items[0].__class__._sectionList = dq.coll[k].items + dq.coll[k].items[0].__class__._sectionObj = dq.coll[k] + dq.coll[k].items[0].__class__._append = _append_to_item_list + + for k in ['var','experiment','timeSlice','mip','spatialShape','structure','grids']: + dq.coll[k].items[0].__class__._labelDict = dict() + for i in dq.coll[k].items: + dq.coll[k].items[0].__class__._labelDict[i.label] = i + for k in dq.coll: + if len( dq.coll[k].items ) > 0: + dq.coll[k].items[0].__class__._uidDict = dict() + for i in dq.coll[k].items: + dq.coll[k].items[0].__class__._uidDict[i.uid] = i + dq._extensions_['collect'] = True + + + diff --git a/Release/dreqPy/extensions/versions.py b/Release/dreqPy/extensions/versions.py new file mode 100644 index 0000000..9ef813d --- /dev/null +++ b/Release/dreqPy/extensions/versions.py @@ -0,0 +1,65 @@ +import hashlib, requests, os, collections + +def compare(self, oth,count=True,lst='short',sect='CMORvar' ): + n0 = 0 + n1 = 0 + n2 = 0 + this = self.coll[sect].items[0] + that = oth.coll[sect].items[0] + lstValid = [None,'short','long'] + assert lst in lstValid, 'Value of lst [%s] not valid, one of: %s' % (lst,str(lstValid)) + cc = collections.defaultdict( int ) + for k in sorted( that._uidDict.keys() ): + if k not in this._uidDict: + n0 += 1 + if lst != None: + print 'Only in %s: %s [%s]' % (oth.version, k, that._uidDict[k].label ) + + for k in sorted( this._uidDict.keys() ): + if k not in that._uidDict: + n1 += 1 + if lst != None: + print 'Only in %s: %s [%s]' % (self.version, k, this._uidDict[k].label ) + elif this._uidDict[k].__dict__ != that._uidDict[k].__dict__: + n2 += 1 + + s1 = [kk for kk in this._uidDict[k].__dict__ if kk not in that._uidDict[k].__dict__] + s2 = [kk for kk in that._uidDict[k].__dict__ if kk not in this._uidDict[k].__dict__] + s3 = [kk for kk in that._uidDict[k].__dict__ if kk in this._uidDict[k].__dict__ and that._uidDict[k].__dict__[kk] != this._uidDict[k].__dict__[kk]] + for i in s1 + s2 + s3: + cc[i] += 1 + if lst == 'long': + print 'Changed in %s -- %s: %s [%s], {%s|%s|%s}' % (self.version,oth.version, k, this._uidDict[k].label, str(s1),str(s2),str(s3) ) + + if n0 == 0 and n1 == 0: + print '%s (%s --> %s):: No additons or removals' % (sect,oth.version,self.version) + else: + print '%s (%s --> %s):: Added %s, Removed %s' % (sect,oth.version,self.version,n1,n0) + print '%s:: Number changed in %s -- %s: %s' % (sect, self.version,oth.version,n2) + if n2 > 0: + msg = '; '.join( ['%s: %s' % (k,cc[k]) for k in sorted(cc.keys())] ) + print '%s:: Attribute changes: %s' % (sect,msg) + +def fetch(self,version=None, vdir=None): + files = ['dreq.xml', 'dreq2Defn.xml', 'dreqSupp.xml', 'dreqSuppDefn.xml'] + utmpl = 'http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreq/tags/%s/dreqPy/docs/%s' + if version == None: + version = self.version + if vdir == None: + vdir = self._VERSION_DIR_ + if not os.path.isdir( '%s/%s' % (vdir,version) ): + os.mkdir( '%s/%s' % (vdir,version) ) + for f in files: + u = utmpl % (version,f) + page = requests.get(u) + md5 = hashlib.md5(page.text.encode('utf-8')).hexdigest() + print version, f, md5 + oo = open( '%s/%s/%s' % (vdir,version,f), 'w' ) + oo.write( page.text.encode('utf-8') ) + oo.close() + +def add(dq): + """Add extensions.""" + dq.__class__._fetch_ = fetch + dq.__class__._compare_ = compare + dq._extensions_['versions'] = True diff --git a/Release/dreqPy/packageConfig.py b/Release/dreqPy/packageConfig.py index b474535..eeb4fa9 100644 --- a/Release/dreqPy/packageConfig.py +++ b/Release/dreqPy/packageConfig.py @@ -10,11 +10,14 @@ ##DOC_DEFAULT_DIR DOC_DEFAULT_DIR = os.path.join(PACKAGE_DIR, 'docs') - DOC_DIR = os.environ.get('DRQ_CONFIG_DIR', DOC_DEFAULT_DIR) +HOME = os.environ.get('HOME', PACKAGE_DIR) + +VERSION_DEFAULT_DIR = os.path.join(HOME, '.dreqPy') +VERSION_DIR = os.environ.get('DRQ_VERSION_DIR', VERSION_DEFAULT_DIR) -__versionComment__ = "Version 01.00.25" -__version__ = "01.00.25" +__version__ = "01.00.27" +__versionComment__ = "Version %s" % __version__ __title__ = "dreqPy" __description__ = "CMIP6 Data Request Python API" __uri__ = "http://proj.badc.rl.ac.uk/svn/exarch/CMIP6dreq/tags/{0}".format(__version__) diff --git a/Release/dreqPy/scope.py b/Release/dreqPy/scope.py index 4168b86..af61ff3 100644 --- a/Release/dreqPy/scope.py +++ b/Release/dreqPy/scope.py @@ -1627,6 +1627,7 @@ class dreqUI(object): default: 259200,60,64800,40,20,5,100 --txtOpts : options for content of text file: (v|c)[(+|-)att1[,att2[...]]] --xlsDir : Directory in which to place variable listing [xls]; + --xmlVersion : version number of XML document [only with extension enabled -- not stable]; --printLinesMax : Maximum number of lines to be printed (default 20) --printVars : If present, a summary of the variables (see --printLinesMax) fitting the selection options will be printed --intersection : Analyse the intersection of requests rather than union. @@ -1661,6 +1662,7 @@ def __init__(self,args): '--unique':('unique',False), \ '--mcfg':('mcfg',True), \ '--txtOpts':('txtOpts',True), \ + '--xmlVersion':('xmlVersion',True), \ '--xlsDir':('xlsdir',True), '--xls':('xls',False) \ } aa = args[:] @@ -1733,9 +1735,10 @@ def run(self, dq=None): mlg.prnt ( self.__doc__ ) return + xmlVersion = self.adict.get( 'xmlVersion', None ) if 'q' in self.adict: if dq == None: - dq = dreq.loadDreq(configOnly=True) + dq = dreq.loadDreq(configOnly=True, xmlVersion=xmlVersion) s = self.adict['q'] if self.adict['q'] == 's': ss = sorted( [(i.title,i.label) for i in dq.coll['__sect__'].items] ) @@ -1772,7 +1775,7 @@ def run(self, dq=None): sys.exit(0) if dq == None: - self.dq = dreq.loadDreq() + self.dq = dreq.loadDreq(xmlVersion=xmlVersion) else: self.dq = dq diff --git a/Release/dreqPy/table_utils.py b/Release/dreqPy/table_utils.py index a3aebdb..4747ae5 100644 --- a/Release/dreqPy/table_utils.py +++ b/Release/dreqPy/table_utils.py @@ -179,14 +179,17 @@ def var(self): self.oo.write( hrec[i] + '\t' ) self.oo.write( '\n' ) - def cmvtab(self,t,addMips,mode='c',tslice=False,byFreqRealm=False): + def cmvtab(self,t,addMips,mode='c',tslice=False,byFreqRealm=False,truePriority=False): if self.xls: self.sht = self.newSheet( t ) j = 0 ncga = 'NetCDF Global Attribute' if mode == 'c': - hrec = ['Priority','Long name', 'units', 'description', 'comment', 'Variable Name', 'CF Standard Name', 'cell_methods', 'positive', 'type', 'dimensions', 'CMOR Name', 'modeling_realm', 'frequency', 'cell_measures', 'prov', 'provNote','rowIndex','UID','vid','stid','Structure Title','valid_min', 'valid_max', 'ok_min_mean_abs', 'ok_max_mean_abs'] + hrec = ['Default Priority','Long name', 'units', 'description', 'comment', 'Variable Name', 'CF Standard Name', 'cell_methods', 'positive', 'type', 'dimensions', 'CMOR Name', 'modeling_realm', 'frequency', 'cell_measures', 'prov', 'provNote','rowIndex','UID','vid','stid','Structure Title','valid_min', 'valid_max', 'ok_min_mean_abs', 'ok_max_mean_abs'] hcmt = ['Default priority (generally overridden by settings in "requestVar" record)',ncga,'','','Name of variable in file','','','CMOR directive','','','CMOR name, unique within table','','','','','','','','','','CMOR variable identifier','MIP variable identifier','Structure identifier','','','','',''] + if truePriority: + hrec[0] = 'Priority' + hcmt[0] = 'Lowest priority value set in request for this variable for this experiment' if self.xls: self.sht.set_column(1,1,40) self.sht.set_column(1,3,50) @@ -247,7 +250,7 @@ def close(self): ### need to have name of experiment here, for the aggregation over MIPs to work ... in the column of request by MIPs ### class makeTab(object): - def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=set(), collected=None,xls=True,txt=False,txtOpts=None,byFreqRealm=False, tslice=None, exptUid=None): + def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=set(), collected=None,xls=True,txt=False,txtOpts=None,byFreqRealm=False, tslice=None, exptUid=None, tabMode=None, pdict=None): """txtOpts: gives option to list MIP variables instead of CMOR variables""" self.sc = sc dq = sc.dq @@ -283,6 +286,7 @@ def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=s if mcfgNote != None: wb.mcfgNote = mcfgNote wb.header( tableNotes, collected) + truePriority = tabMode == 'e' and pdict != None if txtOpts != None and txtOpts.mode == 'var': vl = list( set( [v.vid for v in cmv] ) ) @@ -304,7 +308,7 @@ def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=s for t in tables: if withoo: oo = open( 'tables/test_%s.csv' % t, 'w' ) - wb.cmvtab(t,addMips,mode='c',tslice=tslice != None,byFreqRealm=byFreqRealm) + wb.cmvtab(t,addMips,mode='c',tslice=tslice != None,byFreqRealm=byFreqRealm,truePriority = truePriority) j = 0 if oldpython: @@ -357,7 +361,15 @@ def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=s if mode == 'c': try: - orec = [str(cmv.defaultPriority),var.title, var.units, var.description, cmv.description, var.label, var.sn, strc.cell_methods, cmv.positive, cmv.type, dims, cmv.label, cmv.modeling_realm, cmv.frequency, strc.cell_measures, cmv.prov,cmv.provNote,str(cmv.rowIndex),cmv.uid,cmv.vid,cmv.stid,strc.title, valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs] + if tabMode == 'e' and pdict != None: + if cmv.uid in pdict: + thisp = str( min( pdict[cmv.uid] ) ) + else: + thisp = str(cmv.defaultPriority) + print 'ERROR.priority.0101: ',cmv.label,dest + else: + thisp = str(cmv.defaultPriority) + orec = [thisp,var.title, var.units, var.description, cmv.description, var.label, var.sn, strc.cell_methods, cmv.positive, cmv.type, dims, cmv.label, cmv.modeling_realm, cmv.frequency, strc.cell_measures, cmv.prov,cmv.provNote,str(cmv.rowIndex),cmv.uid,cmv.vid,cmv.stid,strc.title, valid_min, valid_max, ok_min_mean_abs, ok_max_mean_abs] except: print ('FAILED TO CONSTRUCT RECORD: %s [%s], %s [%s]' % (cmv.uid,cmv.label,var.uid,var.label) ) raise @@ -406,7 +418,7 @@ def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=s thisp = priority priority = thisp[1] ##print 'ERROR in priority type[2]: ',priority, tslice[cmv.uid] - orec[0] = priority + orec[0] = '%s' % priority if tsmode[:4] in ['simp','bran']: nys = b + 1 - a @@ -424,6 +436,8 @@ def __init__(self, sc, subset=None, mcfgNote=None, dest='tables/test', skipped=s orec += ['slice', tslab,''] orec.append( grid ) + if orec[0] in [0,'0',None]: + print 'ERROR.priority.006: ',orec,dest if withoo: oo.write( '\t'.join(orec ) + '\n' ) j+=1 diff --git a/Release/dreqPy/volsum.py b/Release/dreqPy/volsum.py index c77bbb5..e3f13ef 100644 --- a/Release/dreqPy/volsum.py +++ b/Release/dreqPy/volsum.py @@ -2,6 +2,7 @@ from xlsxwriter.utility import xl_rowcol_to_cell import collections, os + try: import dreq imm=1 @@ -13,10 +14,18 @@ import misc_utils import table_utils import overviewTabs + from extensions import collect as extCollect +## +## the double underscore causes some confusion, creating an error message _vsum__requestLink__expt not found. + from extensions.collect import _requestLink__expt as requestLink__expt else: import dreqPy.misc_utils as misc_utils import dreqPy.table_utils as table_utils import dreqPy.overviewTabs as overviewTabs + from dreqPy.extensions import collect as extCollect + from dreqPy.extensions.collect import _requestLink__expt as requestLink__expt + + class xlsx(object): def __init__(self,fn,txtOpts=None): @@ -52,7 +61,14 @@ class vsum(object): def __init__(self,sc,odsz,npy,exptFilter=None, odir='xls', tabByFreqRealm=False): self.tabByFreqRealm = tabByFreqRealm idir = dreq.DOC_DIR + if 'collect' not in sc.dq._extensions_: + extCollect.add(sc.dq) self.sc = sc + self.exptMipRql = collections.defaultdict( set ) + for i in self.sc.dq.coll['requestLink'].items: + expts = requestLink__expt(i,rql=[i.uid,]) + for e in expts: + self.exptMipRql[ (i.mip,self.sc.dq.inx.uid[e].label) ].add( i.uid) self.odsz=odsz self.npy = npy self.exptFilter = exptFilter @@ -184,6 +200,7 @@ def anal(self,olab=None,doUnique=False,makeTabs=False,mode='full'): if mode == 'short': self.res = { 'vet':vet, 'lex':lex, 'vu':vu, 'vf':vf} return + if olab != 'TOTAL' and doUnique: s_lex, s_vet, s_vf, s_vu, s_mvol = self._analSelectedCmv(self.uniqueCmv ) s_lm = set( self.uniqueCmv.keys() ) @@ -247,13 +264,27 @@ def anal(self,olab=None,doUnique=False,makeTabs=False,mode='full'): for e in sorted( ve.keys() ): if olab != None and makeTabs: el = self.sc.dq.inx.uid[e].label + + if olab in ['Total','TOTAL']: + pdict = None + elif (olab,el) in self.exptMipRql: + pdict = collections.defaultdict( set ) + for rqlid in self.exptMipRql[(olab,el)]: + rql = self.sc.dq.inx.uid[rqlid] + for rqvid in self.sc.dq.inx.iref_by_sect[rql.refid].a['requestVar']: + rqv = self.sc.dq.inx.uid[rqvid] + pdict[rqv.vid].add( rqv.priority ) + else: + print 'INFO.00201: olab,e not found:',olab,el + pdict = None + tslice = {} for v in self.sc.cmvts: if e in self.sc.cmvts[v]: tslice[v] = self.sc.cmvts[v][e] dest = self.xlsDest('e',olab,el) - table_utils.makeTab(self.sc, subset=lex[e], dest=self.xlsDest('e',olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm, tslice=tslice, exptUid=e) - ##self.makeTab(self.sc.dq, subset=lex[e], dest=self.xlsDest('e',olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm) + mode ='e' + table_utils.makeTab(self.sc, subset=lex[e], dest=self.xlsDest(mode,olab,el), collected=cc[e],byFreqRealm=self.tabByFreqRealm, tslice=tslice, exptUid=e, tabMode=mode, pdict=pdict) if olab != 'TOTAL' and doUnique: for e,t in s_vet: