SLGFSK.vcf

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##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NORMAL	TUMOR	2:NORMAL	2:TUMOR
chr5	163205	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=314	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:99:0:99:100%:0,0,61,38	1/1:.:215:0:215:100%:0,0,145,70	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	163260	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=262	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:79:0:79:100%:0,0,49,30	1/1:.:183:0:183:100%:0,0,107,76	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	163266	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=260	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:79:0:79:100%:0,0,44,35	1/1:.:181:0:181:100%:0,0,100,81	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	163586	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=2.0985e-15;SPV=0.12191;DP=85	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:45:27:18:40%:14,13,12,6	0/1:.:40:18:22:55%:10,8,8,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	163769	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.3852e-19;SPV=1;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:24:0:24:100%:0,0,8,16	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,1,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	169763	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.4572e-34;SPV=1;DP=57	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:27:0:27:100%:0,0,2,25	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,3,27	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	171569	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=143	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,25,18	1/1:.:100:0:100:100%:0,0,47,53	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	171643	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.5755e-37;SPV=1;DP=62	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,4,15	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,13,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	173200	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.9117e-30;SPV=1;DP=50	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:34:0:34:100%:0,0,8,26	1/1:.:16:0:16:100%:0,0,3,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	174106	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=143	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:60:0:60:100%:0,0,36,24	1/1:.:83:0:83:100%:0,0,62,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	174240	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.5146e-20;SPV=1;DP=34	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,1,11	1/1:.:22:0:22:100%:0,0,2,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	174241	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.1363e-16;SPV=1;DP=27	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,1,7	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,2,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	174267	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8578e-12;SPV=1;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,0,12	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,2,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	181660	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=118	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:52:0:52:100%:0,0,38,14	1/1:.:66:0:66:100%:0,0,52,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	181730	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:41:0:41:100%:0,0,13,28	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,30,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	181762	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.68349e-42;SPV=1;DP=71	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:31:0:31:100%:0,0,3,28	1/1:.:40:0:40:100%:0,0,12,28	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	182077	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=360	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:142:0:142:100%:0,0,108,34	1/1:.:218:0:218:100%:0,0,176,42	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	183134	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:64:0:64:100%:0,0,36,28	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,18,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	183401	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=78	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,40,13	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,15,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	183516	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.69557e-43;SPV=1;DP=73	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,29,24	1/1:.:20:0:20:100%:0,0,14,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	184336	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0165e-15;SPV=1;DP=26	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:14:0:14:100%:0,0,6,8	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,8,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	184393	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.3074e-16;SPV=1;DP=28	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:16:0:16:100%:0,0,15,1	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,9,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	184702	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=8.4556e-18;SPV=1;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:21:0:21:100%:0,0,13,8	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,4,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	185092	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.0229e-32;SPV=1;DP=54	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:35:0:35:100%:0,0,25,10	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,14,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	185160	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.8097e-26;SPV=1;DP=44	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:32:0:32:100%:0,0,16,16	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,7,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	185369	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=135	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:97:0:97:100%:0,0,70,27	1/1:.:38:0:38:100%:0,0,28,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	185498	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=152	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:109:0:109:100%:0,0,74,35	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,28,15	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	185519	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=164	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:118:0:118:100%:0,0,85,33	1/1:.:46:0:46:100%:0,0,34,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	186095	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=104	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:58:0:58:100%:0,0,26,32	1/1:.:46:0:46:100%:0,0,18,28	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	186630	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=301	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:121:0:121:100%:0,0,53,68	1/1:.:180:0:180:100%:0,0,133,47	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	187218	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=0;SPV=0.37838;DP=111	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:69:0:69:100%:0,0,40,29	1/1:.:42:1:41:97.62%:1,0,26,15	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	187302	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=93	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:61:0:61:100%:0,0,42,19	1/1:.:32:0:32:100%:0,0,19,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	187717	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=219	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:124:0:124:100%:0,0,68,56	1/1:.:95:0:95:100%:0,0,60,35	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	187888	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=334	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:138:0:138:100%:0,0,91,47	1/1:.:196:0:196:100%:0,0,137,59	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	188321	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=203	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:92:0:92:100%:0,0,51,41	1/1:.:111:0:111:100%:0,0,54,57	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	188330	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=210	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:95:0:95:100%:0,0,56,39	1/1:.:115:0:115:100%:0,0,57,58	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	188719	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=210	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:115:0:115:100%:0,0,69,46	1/1:.:95:0:95:100%:0,0,54,41	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	188747	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=196	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:115:0:115:100%:0,0,66,49	1/1:.:81:0:81:100%:0,0,53,28	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	188896	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=183	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:93:0:93:100%:0,0,42,51	1/1:.:90:0:90:100%:0,0,60,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	189799	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.2503e-13;SPV=0.44171;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:57:36:21:36.84%:21,15,14,7	0/1:.:37:22:15:40.54%:16,6,8,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	189821	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.1574e-12;SPV=0.51733;DP=89	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:56:35:21:37.5%:17,18,15,6	0/1:.:33:20:13:39.39%:14,6,8,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	195507	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=207	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:106:0:106:100%:0,0,35,71	1/1:.:101:0:101:100%:0,0,36,65	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	217182	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=3.5049e-07;SPV=0.51969;DP=60	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:36:25:11:30.56%:8,17,0,11	0/1:.:24:16:8:33.33%:9,7,2,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	218598	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8578e-12;SPV=1;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,4,4	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,6,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	230980	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=128	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:85:0:85:100%:0,0,54,31	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,30,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	231111	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=108	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:74:0:74:100%:0,0,41,33	1/1:.:34:0:34:100%:0,0,17,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	256434	.	ACT	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013416;DP=475	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/0:.:312:250:62:19.87%:215,35,62,0	0/1:.:163:115:48:29.45%:106,9,48,0
chr5	288014	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8578e-12;SPV=1;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,6,2	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,9,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	288610	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.9107e-15;SPV=1;DP=25	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:15:0:15:100%:0,0,15,0	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,9,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	289642	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.5024e-30;SPV=1;DP=51	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:32:0:32:100%:0,0,10,22	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,5,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	311478	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=236	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:167:0:167:100%:0,0,74,93	1/1:.:69:0:69:100%:0,0,38,31	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	314011	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=160	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:72:0:72:100%:0,0,42,30	1/1:.:88:0:88:100%:0,0,51,37	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	343885	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.6314e-27;SPV=1;DP=45	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,17,2	1/1:.:26:0:26:100%:0,0,24,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	344218	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.1056e-35;SPV=1;DP=59	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:18:0:18:100%:0,0,6,12	1/1:.:41:0:41:100%:0,0,22,19	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	354051	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=101	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:54:0:54:100%:0,0,15,39	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,17,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	447779	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0013209;DP=107	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:69:44:25:36.23%:36,8,19,6	0/1:.:38:12:26:68.42%:12,0,19,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	453567	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=128	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:83:0:83:100%:0,0,65,18	1/1:.:45:0:45:100%:0,0,38,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	457955	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.925e-29;SPV=1;DP=49	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:32:0:32:100%:0,0,29,3	1/1:.:17:0:17:100%:0,0,17,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	482186	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.0229e-32;SPV=1;DP=54	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,12,1	1/1:.:41:0:41:100%:0,0,38,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	482653	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=102	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:44:0:43:100%:0,0,38,5	1/1:.:58:0:58:100%:0,0,58,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	482948	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=5.88e-11;SPV=0.20841;DP=60	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:28:17:11:39.29%:0,17,0,11	0/1:.:32:15:17:53.12%:1,14,0,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	483675	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.2639e-16;SPV=0.87591;DP=85	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:27:12:15:55.56%:2,10,0,15	0/1:.:58:32:26:44.83%:7,25,2,24	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	488298	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=131	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,52,1	1/1:.:78:0:78:100%:0,0,77,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	488310	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=159	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:60:0:60:100%:0,0,59,1	1/1:.:99:0:99:100%:0,0,98,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	491826	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=98	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:37:0:37:100%:0,0,36,1	1/1:.:61:0:60:100%:0,0,59,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	619333	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=109	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:78:0:78:100%:0,0,15,63	1/1:.:31:0:31:100%:0,0,13,18	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	662030	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=134	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:70:0:70:100%:0,0,45,25	1/1:.:64:0:64:100%:0,0,44,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	677718	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.3541e-24;SPV=1;DP=41	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:17:0:17:100%:0,0,17,0	1/1:.:24:0:24:100%:0,0,23,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	677776	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=121	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,46,1	1/1:.:74:0:74:100%:0,0,72,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	678062	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=0;SPV=0.26685;DP=356	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:95:1:94:98.95%:1,0,40,54	1/1:.:261:0:261:100%:0,0,109,152	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	694334	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=8.0088e-21;SPV=0.13462;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:15:2:13:86.67%:1,1,9,4	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,21,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	710714	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=0;SPV=0.13557;DP=679	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:444:354:90:20.27%:247,107,60,30	0/1:.:235:178:57:24.26%:140,38,39,18	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	711030	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=1.26117e-44;SPV=0.17842;DP=485	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:312:232:80:25.64%:144,88,51,29	0/1:.:173:119:51:30%:82,37,30,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	766910	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=689	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:302:0:302:100%:0,0,145,157	1/1:.:387:0:387:100%:0,0,205,182	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	767033	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=663	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:257:0:257:100%:0,0,167,90	1/1:.:406:0:406:100%:0,0,313,93	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	795961	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=2.307e-20;SPV=0.39174;DP=228	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:171:128:43:25.15%:92,36,33,10	0/1:.:57:41:16:28.07%:32,9,13,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	795968	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=1.1795e-21;SPV=0.1607;DP=248	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:183:140:43:23.5%:99,41,33,10	0/1:.:65:45:20:30.77%:35,10,16,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	795975	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=2.6436e-24;SPV=0.10999;DP=245	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:183:135:48:26.23%:90,45,38,10	0/1:.:62:40:22:35.48%:30,10,18,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796041	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=8.3248e-34;SPV=0.72963;DP=412	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:297:223:74:24.92%:140,83,59,15	0/1:.:115:89:26:22.61%:65,24,21,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796047	.	CTG	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=0;SPV=0.64141;DP=425	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:308:196:112:36.36%:139,57,67,45	0/1:.:117:76:41:35.04%:57,19,29,12
chr5	796064	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.1986e-38;SPV=0.9269;DP=435	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:310:224:86:27.74%:134,90,65,21	0/1:.:125:98:27:21.6%:66,32,23,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796162	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=0;SPV=0.14918;DP=473	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:338:229:109:32.25%:155,74,63,46	0/1:.:135:84:51:37.78%:57,27,34,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796165	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=5.2276e-33;SPV=0.48043;DP=475	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:339:269:70:20.65%:149,120,69,1	0/1:.:136:107:29:21.32%:60,47,28,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796221	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=0;SPV=0.15811;DP=485	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:347:237:110:31.7%:149,88,97,13	0/1:.:138:87:51:36.96%:54,33,45,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796223	.	GCCC	G	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=0;SPV=0.30404;DP=477	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:342:233:109:31.87%:145,88,97,12	0/1:.:135:88:47:34.81%:52,36,40,7
chr5	796272	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=0;SPV=0.1107;DP=533	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:388:249:139:35.82%:132,117,94,45	0/1:.:145:84:61:42.07%:46,38,48,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796277	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=0;SPV=0.066316;DP=521	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:380:237:143:37.63%:127,110,94,49	0/1:.:141:77:64:45.39%:45,32,45,19	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796297	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=0;SPV=0.19771;DP=471	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:350:214:136:38.86%:99,115,73,63	0/1:.:121:68:53:43.8%:33,35,29,24	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796328	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=0;SPV=0.29444;DP=343	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:255:158:97:38.04%:49,109,34,63	0/1:.:88:51:37:42.05%:16,35,8,29	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796333	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=2.79643e-41;SPV=0.39168;DP=317	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:231:148:83:35.93%:42,106,26,57	0/1:.:86:53:33:38.37%:16,37,6,27	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796352	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.2241e-34;SPV=0.4432;DP=241	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:180:110:70:38.89%:18,92,7,63	0/1:.:61:36:25:40.98%:2,34,0,25	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	796437	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.1158e-11;SPV=0.95326;DP=85	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:74:46:28:37.84%:0,46,0,28	0/1:.:11:9:2:18.18%:0,9,0,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	801172	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.91471;DP=440	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:297:147:150:50.51%:132,15,127,23	0/1:.:143:80:63:44.06%:72,8,57,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	801362	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=6.8352e-23;SPV=0.58767;DP=125	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:100:52:48:48%:0,52,0,48	0/1:.:25:13:12:48%:0,13,0,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	814733	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.5473e-09;SPV=0.91783;DP=53	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:40:21:19:47.5%:21,0,19,0	0/1:.:13:9:4:30.77%:9,0,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	814747	.	C	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052678;DP=68	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:52:52:0:0%:52,0,0,0	0/1:.:16:14:2:12.5%:14,0,2,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	816800	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.5297e-07;SPV=0.8167;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:13:12:48%:11,2,11,1	0/1:.:13:8:5:38.46%:6,2,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	816849	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.3315e-06;SPV=0.92398;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:26:14:12:46.15%:12,2,8,4	0/1:.:14:10:4:28.57%:7,3,3,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	823890	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=6.8742e-09;SPV=0.53477;DP=77	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:59:40:18:31.03%:31,9,14,4	0/1:.:18:12:6:33.33%:10,2,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	824291	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=1.7571e-21;SPV=0.15228;DP=127	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:78:46:32:41.03%:23,23,17,15	0/1:.:49:23:25:52.08%:12,11,17,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	825120	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.0156e-05;SPV=0.42796;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:40:29:11:27.5%:29,0,11,0	0/1:.:8:5:3:37.5%:5,0,3,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	825160	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.9519e-12;SPV=0.52048;DP=84	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:64:40:24:37.5%:40,0,24,0	0/1:.:20:12:8:40%:12,0,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	825209	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.5812e-35;SPV=0.85232;DP=183	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:134:64:70:52.24%:57,7,66,4	0/1:.:49:27:22:44.9%:26,1,20,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	825280	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.52412;DP=384	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:280:157:123:43.93%:112,45,87,36	0/1:.:104:58:46:44.23%:44,14,34,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	825443	.	G	A	.	PASS	SS=3;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027135;DP=54	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:42:28:14:33.33%:0,28,0,14	1/1:.:12:2:10:83.33%:0,2,0,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	837447	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.2307e-24;SPV=0.83654;DP=363	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:216:170:46:21.3%:158,12,39,7	0/1:.:147:121:26:17.69%:115,6,23,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	837553	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.4886e-34;SPV=0.95006;DP=470	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:257:195:62:24.12%:133,62,4,58	0/1:.:213:174:39:18.31%:140,34,5,34	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	837556	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0;SPV=0.41833;DP=459	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:251:149:102:40.64%:91,58,39,63	0/1:.:208:120:87:42.03%:90,30,51,36	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	840070	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=6.41094e-42;SPV=0.16783;DP=210	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:170:85:85:50%:76,9,83,2	0/1:.:40:16:24:60%:16,0,23,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	840342	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.55416;DP=1108	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:776:454:322:41.49%:275,179,201,121	0/1:.:332:195:137:41.27%:133,62,80,57	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	840506	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.93237;DP=474	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:372:75:297:79.84%:37,38,123,174	0/1:.:102:27:75:73.53%:14,13,35,40	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	840888	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=5.2876e-22;SPV=0.075653;DP=114	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:80:44:36:45%:5,39,2,34	0/1:.:34:13:21:61.76%:2,11,4,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	840928	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=2.7419e-13;SPV=0.065297;DP=70	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:52:30:22:42.31%:5,25,2,20	0/1:.:18:6:12:66.67%:0,6,3,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	843591	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=6.0487e-10;SPV=0.49565;DP=64	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:13:8:38.1%:13,0,8,0	0/1:.:43:25:18:41.86%:22,3,18,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	843879	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=8.503e-12;SPV=0.76711;DP=74	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:13:11:45.83%:1,12,0,11	0/1:.:50:30:20:40%:0,30,0,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	847465	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0.024248;SPV=0.59398;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:10:8:2:20%:8,0,1,1	0/1:.:13:9:3:25%:7,2,3,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	847521	.	C	CA	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0.0012547;SPV=0.80218;DP=45	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:17:13:4:23.53%:11,2,4,0	0/1:.:28:23:5:17.86%:17,6,5,0
chr5	851002	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=0;SPV=0.14995;DP=457	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:187:107:80:42.78%:74,33,50,30	0/1:.:270:140:130:48.15%:100,40,75,55	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878421	.	A	G	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0018993;DP=247	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:147:137:10:6.8%:123,14,10,0	0/1:.:100:80:20:20%:69,11,20,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878427	.	C	G	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=52;GPV=1;SPV=6.1755e-06;DP=277	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:155:140:15:9.68%:125,15,15,0	0/1:.:122:84:38:31.15%:70,14,38,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878434	.	C	G	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016977;DP=300	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:174:151:23:13.22%:129,22,23,0	0/1:.:126:87:39:30.95%:69,18,39,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878461	.	G	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011231;DP=402	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:225:197:28:12.44%:149,48,28,0	0/1:.:177:139:38:21.47%:117,22,38,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878525	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=85;GPV=1;SPV=2.646e-09;DP=314	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:178:131:47:26.4%:43,88,39,8	0/1:.:136:55:81:59.56%:14,41,58,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	878551	.	A	G	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017128;DP=205	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:125:118:7:5.6%:25,93,2,5	0/1:.:80:64:16:20%:23,41,2,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	881087	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.1329e-14;SPV=0.89621;DP=98	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:40:22:18:45%:22,0,18,0	0/1:.:58:38:20:34.48%:38,0,19,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	884251	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00078946;DP=71	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:39:15:24:61.54%:0,15,0,24	0/1:.:32:25:7:21.88%:1,24,0,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	891440	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=3.1107e-17;SPV=0.19087;DP=96	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:63:36:27:42.86%:5,31,6,21	0/1:.:33:15:18:54.55%:2,13,5,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	895111	.	CA	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=7.8434e-05;SPV=0.67594;DP=35	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:26:17:9:34.62%:2,15,2,7	0/1:.:9:6:3:33.33%:2,4,0,3
chr5	896983	.	A	G	.	PASS	SS=3;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025795;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:23:13:10:43.48%:0,13,0,10	0/0:.:8:8:0:0%:0,8,0,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	917878	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.5964e-18;SPV=0.90269;DP=89	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:54:23:31:57.41%:15,8,15,16	0/1:.:35:19:16:45.71%:11,8,12,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	958473	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=8.743e-07;SPV=0.9612;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:16:7:9:56.25%:6,1,8,1	0/1:.:24:16:8:33.33%:12,4,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	958621	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0165e-15;SPV=1;DP=26	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,5,7	1/1:.:14:0:14:100%:0,0,5,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1035399	.	T	TAATG	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.4023e-34;SPV=0.57784;DP=73	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:39:4:35:89.74%:4,0,35,0	1/1:.:34:3:31:91.18%:3,0,29,2
chr5	1035482	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=219	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:93:0:93:100%:0,0,62,31	1/1:.:126:0:126:100%:0,0,103,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1036521	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=168	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:50:0:50:100%:0,0,9,41	1/1:.:118:0:118:100%:0,0,52,66	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1038526	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=252	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:75:0:75:100%:0,0,60,15	1/1:.:177:0:177:100%:0,0,138,39	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1039003	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=125	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:54:0:54:100%:0,0,29,25	1/1:.:71:0:71:100%:0,0,44,27	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1051687	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=270	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:111:0:111:100%:0,0,76,35	1/1:.:159:0:159:100%:0,0,90,69	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1052760	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0.0017241;SPV=0.47214;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:12:8:4:33.33%:2,6,1,3	0/1:.:9:5:4:44.44%:2,3,1,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1053341	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=96	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:29:0:29:100%:0,0,28,1	1/1:.:67:0:67:100%:0,0,63,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1053396	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=194	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:52:0:52:100%:0,0,46,6	1/1:.:142:0:142:100%:0,0,119,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1057615	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=322	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:130:0:130:100%:0,0,93,37	1/1:.:192:0:192:100%:0,0,162,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1057782	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=110	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:36:0:36:100%:0,0,1,35	1/1:.:74:0:74:100%:0,0,2,72	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1060400	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.1486e-18;SPV=1;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,19,0	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,11,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1075292	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.8292e-11;SPV=1;DP=19	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,7,2	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,10,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1076129	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.1363e-16;SPV=1;DP=27	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,12,0	1/1:.:15:0:15:100%:0,0,13,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1081702	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=287	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:112:0:112:100%:0,0,96,16	1/1:.:175:0:175:100%:0,0,149,26	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1084074	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.6742e-23;SPV=1;DP=39	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:15:0:15:100%:0,0,1,14	1/1:.:24:0:24:100%:0,0,3,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1084256	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.2146e-13;SPV=1;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,10,1	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,8,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1088919	.	G	T	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27586;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:14:14:0:0%:12,2,0,0	0/1:.:16:14:2:12.5%:13,1,2,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1093861	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.6743e-40;SPV=1;DP=67	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:22:0:22:100%:0,0,6,16	1/1:.:45:0:45:100%:0,0,5,40	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1115962	.	A	AG	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012757;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:12:11:1:8.33%:9,2,1,0	0/1:.:21:10:11:52.38%:10,0,10,1
chr5	1208964	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.69557e-43;SPV=1;DP=73	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:22:0:22:100%:0,0,5,17	1/1:.:51:0:51:100%:0,0,21,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1212178	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.407e-05;SPV=0.81555;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:28:17:11:39.29%:14,3,8,3	0/1:.:10:7:3:30%:6,1,3,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1213510	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=9.7202e-07;SPV=0.68342;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:11:5:6:54.55%:5,0,6,0	0/1:.:19:9:10:52.63%:8,1,10,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1213994	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=7.6248e-11;SPV=0.37663;DP=63	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:15:10:40%:15,0,10,0	0/1:.:38:20:18:47.37%:19,1,16,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1214264	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=166	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:68:0:68:100%:0,0,11,57	1/1:.:98:0:98:100%:0,0,23,75	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1219316	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=3.158e-10;SPV=0.56245;DP=46	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:17:8:9:52.94%:0,8,0,9	0/1:.:29:13:16:55.17%:4,9,5,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1221199	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.668e-26;SPV=0.46678;DP=129	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:64:31:33:51.56%:29,2,27,6	0/1:.:65:30:35:53.85%:23,7,28,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1223062	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=7.8585e-38;SPV=0.47212;DP=228	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:109:61:48:44.04%:48,13,37,11	0/1:.:119:65:54:45.38%:51,14,47,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224001	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.60615;DP=292	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:219:118:101:46.12%:75,43,57,44	0/1:.:73:40:33:45.21%:26,14,24,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224051	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019161;DP=266	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:198:118:80:40.4%:55,63,32,48	0/1:.:68:30:38:55.88%:15,15,19,19	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224083	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033011;DP=192	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:150:87:63:42%:36,51,25,38	0/1:.:42:17:25:59.52%:9,8,9,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224174	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=3.3557e-31;SPV=0.45366;DP=178	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:139:75:64:46.04%:40,35,44,20	0/1:.:39:20:19:48.72%:15,5,12,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224285	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.2117e-24;SPV=0.87079;DP=137	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:106:55:51:48.11%:30,25,30,21	0/1:.:31:19:12:38.71%:11,8,4,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224405	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.635e-29;SPV=0.90249;DP=158	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:119:58:61:51.26%:32,26,32,29	0/1:.:39:23:16:41.03%:12,11,10,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1224490	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.6559e-35;SPV=0.85738;DP=187	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:122:59:63:51.64%:41,18,38,25	0/1:.:65:36:29:44.62%:27,9,23,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1225434	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=7.8434e-05;SPV=0.22027;DP=35	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:22:16:6:27.27%:11,5,4,2	0/1:.:13:7:6:46.15%:6,1,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1225564	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=1.4735e-05;SPV=0.32521;DP=39	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:20:14:6:30%:7,7,4,2	0/1:.:19:11:8:42.11%:10,1,3,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1225613	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=2.1758e-09;SPV=0.51507;DP=70	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:32:21:11:34.38%:18,3,9,2	0/1:.:38:24:14:36.84%:19,5,11,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1225688	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.1714e-23;SPV=0.53016;DP=119	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:63:31:32:50.79%:23,8,30,2	0/1:.:56:27:29:51.79%:23,4,24,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1225703	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=2.2462e-28;SPV=0.74455;DP=148	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:75:36:39:52%:26,10,37,2	0/1:.:73:38:35:47.95%:25,13,28,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1225801	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=2.7774e-19;SPV=0.65249;DP=102	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:50:25:25:50%:7,18,8,17	0/1:.:52:27:25:48.08%:16,11,11,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1232240	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=6.1809e-05;SPV=0.7688;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:9:5:4:44.44%:4,1,3,1	0/1:.:21:13:8:38.1%:13,0,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1232491	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.3165e-20;SPV=0.85739;DP=120	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:31:15:16:51.61%:4,11,5,11	0/1:.:89:51:38:42.7%:16,35,11,27	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1232775	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.2444e-12;SPV=0.92423;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:9:15:62.5%:9,0,14,1	0/1:.:32:17:15:46.88%:16,1,14,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1240757	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=0;SPV=0.70051;DP=197	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:138:1:137:99.28%:1,0,52,85	1/1:.:59:0:59:100%:0,0,30,29	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1240848	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.554e-28;SPV=1;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:37:0:37:100%:0,0,0,37	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,0,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1243009	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=117	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:71:0:71:100%:0,0,2,69	1/1:.:46:0:46:100%:0,0,2,44	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1244425	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=144	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:66:0:66:100%:0,0,55,11	1/1:.:78:0:78:100%:0,0,66,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1253744	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.7341e-22;SPV=0.71593;DP=184	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:55:35:20:36.36%:12,23,9,11	0/1:.:129:86:43:33.33%:40,46,20,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1254594	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.24734e-42;SPV=0.88212;DP=235	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:72:34:38:52.78%:9,25,11,27	0/1:.:163:89:74:45.4%:20,69,24,50	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1364617	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=2.6898e-16;SPV=0.27237;DP=111	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:78:49:29:37.18%:28,21,15,14	0/1:.:33:18:15:45.45%:13,5,9,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1393063	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.1112e-22;SPV=0.90201;DP=150	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:97:55:42:43.3%:36,19,26,16	0/1:.:53:35:18:33.96%:21,14,13,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1393344	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.83829;DP=290	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:180:97:83:46.11%:54,43,56,27	0/1:.:110:65:45:40.91%:47,18,32,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1393753	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.8611e-10;SPV=0.98965;DP=78	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:31:16:15:48.39%:9,7,10,5	0/1:.:47:35:12:25.53%:19,16,5,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1393878	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=5.0344e-09;SPV=0.3325;DP=68	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:35:24:11:31.43%:16,8,7,4	0/1:.:33:20:13:39.39%:9,11,7,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1394600	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.1819e-13;SPV=0.51179;DP=84	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:57:33:24:42.11%:21,12,15,9	0/1:.:27:15:12:44.44%:9,6,4,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1411256	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.204e-07;SPV=0.71778;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:13:8:5:38.46%:8,0,5,0	0/1:.:43:28:15:34.88%:27,1,15,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1411412	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.434e-36;SPV=0.40669;DP=203	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:76:41:35:46.05%:30,11,24,11	0/1:.:127:65:62:48.82%:33,32,37,25	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1416142	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=223	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:152:0:152:100%:0,0,135,17	1/1:.:71:0:71:100%:0,0,53,18	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1420588	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.0487e-10;SPV=0.81382;DP=64	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:52:30:22:42.31%:27,3,20,2	0/1:.:12:8:4:33.33%:7,1,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1432825	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.229e-21;SPV=0.44562;DP=103	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:82:39:43:52.44%:10,29,15,28	0/1:.:21:9:12:57.14%:4,5,4,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1442974	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.0519e-14;SPV=0.73071;DP=80	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:59:31:28:47.46%:28,3,27,1	0/1:.:21:12:9:42.86%:10,2,9,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1443199	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=150	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:105:0:105:100%:0,0,64,41	1/1:.:45:0:45:100%:0,0,24,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1461568	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=139	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:63:0:63:100%:0,0,57,6	1/1:.:76:0:76:100%:0,0,76,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1462727	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=315	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:133:0:133:100%:0,0,64,69	1/1:.:182:0:182:100%:0,0,91,91	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1462732	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0;SPV=0.41438;DP=292	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:121:1:120:99.17%:0,1,53,67	1/1:.:171:0:171:100%:0,0,84,87	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1462802	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=181	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:77:0:77:100%:0,0,20,57	1/1:.:104:0:104:100%:0,0,39,65	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1466919	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=0;SPV=0.35596;DP=604	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:215:1:214:99.53%:1,0,128,86	1/1:.:389:0:389:100%:0,0,250,139	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1471109	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=87	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:31:0:31:100%:0,0,0,31	1/1:.:56:0:56:100%:0,0,3,53	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1479678	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.5943e-31;SPV=1;DP=53	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:42:0:42:100%:0,0,39,3	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,10,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1481148	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.1512e-28;SPV=1;DP=47	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:29:0:29:100%:0,0,4,25	1/1:.:18:0:18:100%:0,0,4,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1490019	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=82	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:49:0:49:100%:0,0,9,40	1/1:.:33:0:33:100%:0,0,10,23	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	1494764	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=126	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,46,1	1/1:.:79:0:79:100%:0,0,77,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1501542	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.5143e-07;SPV=0.48562;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:12:6:6:50%:6,0,5,1	0/1:.:21:9:12:57.14%:8,1,10,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1501790	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=6.5817e-19;SPV=0.10909;DP=100	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:27:17:10:37.04%:5,12,2,8	0/1:.:73:34:39:53.42%:12,22,8,31	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572216	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=5.8537e-28;SPV=0.1906;DP=157	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:100:56:44:44%:41,15,28,16	0/1:.:57:27:30:52.63%:19,8,20,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572289	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.1801e-32;SPV=0.64473;DP=284	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:202:135:67:33.17%:98,37,61,6	0/1:.:82:56:26:31.71%:40,16,25,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572294	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=9.7456e-28;SPV=0.76766;DP=309	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:221:161:60:27.15%:121,40,53,7	0/1:.:88:67:21:23.86%:50,17,21,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572318	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0;SPV=0.46161;DP=410	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:269:182:87:32.34%:153,29,71,16	0/1:.:141:94:47:33.33%:74,20,45,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572413	.	G	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041286;DP=341	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:209:181:28:13.4%:91,90,2,26	0/1:.:132:104:28:21.21%:71,33,0,28	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572518	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.4372e-08;SPV=0.98409;DP=109	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:80:59:21:26.25%:1,58,0,21	0/1:.:29:26:3:10.34%:0,26,0,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1572531	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.931e-08;SPV=0.96532;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:70:51:19:27.14%:1,50,0,19	0/1:.:24:21:3:12.5%:0,21,0,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1576191	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.7347e-25;SPV=0.71615;DP=111	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:85:36:49:57.65%:28,8,37,12	0/1:.:26:12:14:53.85%:11,1,13,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1579444	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.5853e-07;SPV=0.78821;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:19:8:11:57.89%:7,1,8,3	0/1:.:12:6:6:50%:5,1,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1579515	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.1402e-08;SPV=0.54944;DP=39	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:10:11:52.38%:4,6,5,6	0/1:.:18:8:10:55.56%:6,2,5,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1593246	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.61432;DP=134	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:105:5:100:95.24%:4,1,90,10	1/1:.:29:1:28:96.55%:1,0,27,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1593266	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.5861;DP=158	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:122:5:117:95.9%:4,1,89,28	1/1:.:36:1:35:97.22%:1,0,28,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1593326	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=148	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:108:0:108:100%:0,0,45,63	1/1:.:40:0:40:100%:0,0,27,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1616527	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=90	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:67:0:67:100%:0,0,21,46	1/1:.:23:0:23:100%:0,0,6,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1629407	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.06597e-41;SPV=1;DP=70	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:42:0:42:100%:0,0,28,14	1/1:.:28:0:28:100%:0,0,24,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1634070	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=153	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,41,6	1/1:.:106:0:106:100%:0,0,93,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1634213	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.9117e-30;SPV=1;DP=50	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:14:0:14:100%:0,0,0,14	1/1:.:36:0:36:100%:0,0,4,32	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1708872	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.4095e-24;SPV=0.6337;DP=129	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:94:47:47:50%:34,13,25,22	0/1:.:35:18:17:48.57%:15,3,11,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1708983	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.69557e-43;SPV=1;DP=73	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:57:0:57:100%:0,0,14,43	1/1:.:16:0:16:100%:0,0,6,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1798410	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=4.2116e-19;SPV=0.31648;DP=118	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:78:46:32:41.03%:36,10,30,2	0/1:.:40:21:19:47.5%:20,1,15,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1798413	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=9.9212e-19;SPV=0.30917;DP=116	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:76:45:31:40.79%:34,11,29,2	0/1:.:40:21:19:47.5%:20,1,15,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1799172	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.2761e-11;SPV=0.69871;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:32:13:19:59.38%:4,9,4,15	0/1:.:16:7:9:56.25%:0,7,2,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1799215	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.2298e-06;SPV=0.93027;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:22:10:12:54.55%:1,9,2,10	0/1:.:9:6:3:33.33%:0,6,0,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1801689	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=100	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,14,11	1/1:.:75:0:75:100%:0,0,44,31	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1814369	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.6529e-10;SPV=0.51802;DP=42	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:31:13:18:58.06%:13,0,18,0	0/1:.:11:4:7:63.64%:4,0,6,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1814783	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=145	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:100:0:100:100%:0,0,42,58	1/1:.:45:0:45:100%:0,0,20,25	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1816431	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0282e-24;SPV=0.88444;DP=156	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:109:60:49:44.95%:38,22,32,17	0/1:.:47:30:17:36.17%:23,7,11,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1878021	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=8.0845e-10;SPV=0.36074;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:19:13:6:31.58%:2,11,1,5	0/1:.:50:30:20:40%:3,27,7,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1879385	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=0.023166;SPV=0.66409;DP=19	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:8:6:2:25%:6,0,2,0	0/1:.:11:8:3:27.27%:7,1,2,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1880865	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.2307e-22;SPV=0.9236;DP=116	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:82:38:44:53.66%:33,5,41,3	0/1:.:34:20:14:41.18%:17,3,14,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1881916	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=0;SPV=0.37733;DP=400	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:134:74:60:44.78%:67,7,51,9	0/1:.:266:141:125:46.99%:130,11,113,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1882129	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.94811;DP=296	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:88:39:49:55.68%:12,27,14,35	0/1:.:208:112:96:46.15%:43,69,33,63	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	1882280	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.2704e-05;SPV=0.72858;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:12:7:5:41.67%:1,6,1,4	0/1:.:24:15:9:37.5%:3,12,1,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	2747127	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=9.798e-13;SPV=0.39337;DP=62	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:33:17:16:48.48%:13,4,11,5	0/1:.:29:13:16:55.17%:11,2,11,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	2752398	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.6417e-32;SPV=0.79641;DP=177	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:48:23:25:52.08%:15,8,16,9	0/1:.:129:69:60:46.51%:46,23,40,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	2754339	.	C	CT	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.3095e-14;SPV=0.95165;DP=72	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:47:20:27:57.45%:15,5,19,8	0/1:.:25:15:10:40%:13,2,8,2
chr5	2755031	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0.0001362;SPV=0.85604;DP=27	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:8:4:4:50%:4,0,4,0	0/1:.:19:12:7:36.84%:12,0,7,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	2755485	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=0;SPV=0.34616;DP=455	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:144:80:64:44.44%:43,37,35,29	0/1:.:311:165:146:46.95%:93,72,85,61	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3077281	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=9.5813e-06;SPV=0.4387;DP=22	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:13:6:7:53.85%:5,1,4,3	0/1:.:9:3:6:66.67%:3,0,5,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3509002	.	T	C	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=55;GPV=1;SPV=3.0728e-06;DP=141	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:93:93:0:0%:82,11,0,0	0/1:.:48:37:11:22.92%:31,6,8,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3600334	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=385	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:126:0:126:100%:0,0,45,81	1/1:.:259:0:258:100%:0,0,103,155	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3609422	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.82169e-44;SPV=0.69746;DP=244	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:173:88:85:49.13%:51,37,43,42	0/1:.:71:38:33:46.48%:21,17,19,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3609781	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.195e-13;SPV=0.87831;DP=62	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:44:19:25:56.82%:11,8,14,11	0/1:.:18:10:8:44.44%:6,4,6,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	3610658	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=1.2661e-10;SPV=0.29318;DP=57	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:41:23:18:43.9%:8,15,2,16	0/1:.:16:7:9:56.25%:1,6,2,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4087292	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=3.8563e-07;SPV=0.5526;DP=63	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:34:24:10:29.41%:12,12,8,2	0/1:.:29:20:9:31.03%:15,5,6,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4087346	.	C	CTG	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=1.727e-05;SPV=0.13438;DP=43	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:19:15:4:21.05%:7,8,0,4	0/1:.:24:14:10:41.67%:7,7,7,3
chr5	4087485	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.3074e-16;SPV=1;DP=28	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:20:0:20:100%:0,0,15,5	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,7,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4095652	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.1364e-17;SPV=0.68859;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:31:4:27:87.1%:0,4,0,27	1/1:.:9:1:8:88.89%:0,1,0,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4420474	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.1512e-28;SPV=1;DP=47	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:34:0:34:100%:0,0,33,1	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,12,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4886332	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.3852e-19;SPV=1;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:20:0:20:100%:0,0,15,5	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,11,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4925090	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0.00017215;SPV=0.47984;DP=18	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:10:5:5:50%:3,2,2,3	0/1:.:8:3:5:62.5%:2,1,3,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4930051	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.7526e-13;SPV=1;DP=22	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,10,0	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,12,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	4930181	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.5735e-15;SPV=0.93458;DP=102	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:53:29:24:45.28%:24,5,15,9	0/1:.:49:33:16:32.65%:20,13,9,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5140390	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0.001638;SPV=0.46499;DP=20	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:9:6:3:33.33%:4,2,3,0	0/1:.:11:6:5:45.45%:5,1,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5140632	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=2.0601e-12;SPV=0.37552;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:14:10:41.67%:9,5,9,1	0/1:.:45:23:22:48.89%:13,10,15,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5140713	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=8.2973e-14;SPV=0.7484;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:11:13:54.17%:8,3,8,5	0/1:.:45:23:22:48.89%:18,5,17,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5140958	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.2269e-12;SPV=0.45152;DP=75	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:29:17:12:41.38%:2,15,2,10	0/1:.:46:25:21:45.65%:10,15,7,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5140970	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.4722e-11;SPV=0.93955;DP=57	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:8:13:61.9%:2,6,1,12	0/1:.:36:20:16:44.44%:4,16,6,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5141009	.	CT	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.4748e-05;SPV=0.72654;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:13:6:7:53.85%:0,6,0,7	0/1:.:10:5:5:50%:0,5,0,5
chr5	5146200	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=122	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:83:0:83:100%:0,0,73,10	1/1:.:39:0:39:100%:0,0,36,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5146223	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=153	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:103:0:103:100%:0,0,81,22	1/1:.:50:0:50:100%:0,0,42,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5146335	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=178	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:123:0:123:100%:0,0,67,56	1/1:.:55:0:55:100%:0,0,29,26	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5146377	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=3.984e-26;SPV=0.22056;DP=136	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:99:52:47:47.47%:21,31,17,30	0/1:.:37:16:21:56.76%:4,12,8,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5146395	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.5978e-21;SPV=0.66014;DP=114	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:84:43:41:48.81%:14,29,18,23	0/1:.:30:16:14:46.67%:6,10,7,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5187776	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=114	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:73:0:73:100%:0,0,58,15	1/1:.:41:0:41:100%:0,0,36,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	5200220	.	A	ATC	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.2756e-16;SPV=0.69354;DP=103	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:73:18:28:60.87%:18,0,24,4	0/1:.:30:8:11:57.89%:8,0,11,0
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chr5	5462148	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.81095;DP=294	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:187:91:96:51.34%:46,45,41,55	0/1:.:107:57:50:46.73%:35,22,32,18	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6337320	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.8496e-17;SPV=0.64318;DP=82	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:63:29:34:53.97%:10,19,10,24	0/1:.:19:9:10:52.63%:4,5,4,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6372248	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=5.7598e-07;SPV=0.31474;DP=35	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:12:9:42.86%:11,1,9,0	0/1:.:14:6:8:57.14%:3,3,5,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6372585	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.9605e-18;SPV=0.8975;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:57:26:31:54.39%:21,5,24,7	0/1:.:37:21:16:43.24%:13,8,13,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6378614	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=678	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:212:0:212:100%:0,0,117,95	1/1:.:466:0:466:100%:0,0,268,198	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6466220	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0.0012236;SPV=0.93403;DP=16	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:8:3:5:62.5%:1,2,3,2	0/1:.:8:5:3:37.5%:4,1,2,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6599940	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=3.0605e-09;SPV=0.29316;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:23:11:12:52.17%:8,3,6,6	0/1:.:15:5:10:66.67%:3,2,7,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6600150	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=2.0008e-18;SPV=0.37892;DP=113	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:77:44:32:42.11%:30,14,22,10	0/1:.:36:19:17:47.22%:14,5,13,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6602544	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=2.5278e-15;SPV=0.2051;DP=87	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:53:31:22:41.51%:28,3,19,3	0/1:.:34:16:18:52.94%:16,0,17,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6604205	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=1.6028e-36;SPV=0.39785;DP=194	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:122:63:59:48.36%:44,19,46,13	0/1:.:72:35:37:51.39%:31,4,29,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	6604931	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=5.072e-07;SPV=0.3598;DP=47	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:34:22:12:35.29%:3,19,2,10	0/1:.:13:7:6:46.15%:0,7,0,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	6632909	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.373e-16;SPV=0.86568;DP=109	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:32:17:15:46.88%:4,13,3,12	0/1:.:77:48:29:37.66%:21,27,13,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6632942	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.1744e-10;SPV=0.90069;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:20:10:10:50%:2,8,1,9	0/1:.:49:31:18:36.73%:8,23,6,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6633447	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0;SPV=0.56484;DP=292	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:99:49:50:50.51%:39,10,37,13	0/1:.:193:96:97:50.26%:71,25,63,34	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6633779	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.98275;DP=422	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:120:57:63:52.5%:46,11,50,13	0/1:.:302:176:126:41.72%:140,36,99,27	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6645016	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.3411e-31;SPV=0.51093;DP=153	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:106:51:55:51.89%:45,6,47,8	0/1:.:47:22:25:53.19%:16,6,21,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6669132	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.9732e-14;SPV=0.56083;DP=87	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:53:30:23:43.4%:19,11,13,10	0/1:.:34:19:15:44.12%:17,2,14,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6737571	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=2.8011e-19;SPV=0.071644;DP=113	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:88:52:36:40.91%:52,0,36,0	0/1:.:25:10:15:60%:10,0,14,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6742503	.	G	GA	.	PASS	SS=3;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023953;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:24:10:14:58.33%:9,1,14,0	0/0:.:9:9:0:0%:9,0,0,0
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chr5	6748810	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.4721e-10;SPV=0.95859;DP=71	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:54:31:23:42.59%:2,29,1,22	0/1:.:17:13:4:23.53%:2,11,1,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6754762	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.7754e-11;SPV=0.98456;DP=50	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:30:10:20:66.67%:10,0,19,1	0/1:.:20:12:8:40%:12,0,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	6827854	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.554e-28;SPV=1;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:33:0:33:100%:0,0,31,2	1/1:.:15:0:15:100%:0,0,15,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7301374	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.4655e-07;SPV=0.5;DP=18	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:9:2:7:77.78%:1,1,5,2	1/1:.:9:1:8:88.89%:1,0,5,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7301429	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0.0048126;SPV=0.98586;DP=25	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:11:6:5:45.45%:3,3,5,0	0/1:.:14:12:2:14.29%:10,2,2,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7301533	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=0.0012547;SPV=0.79333;DP=45	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:22:17:5:22.73%:7,10,5,0	0/1:.:23:19:4:17.39%:10,9,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7301575	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.4508e-22;SPV=1;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,8,11	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,8,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7306615	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=3.7678e-15;SPV=0.33453;DP=52	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:33:12:21:63.64%:10,2,13,8	0/1:.:19:5:14:73.68%:2,3,14,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7396706	.	TGCCCCTCGGCCCGCGGCA	T	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13598;DP=55	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/0:.:21:21:0:0%:2,19,0,0	0/1:.:34:30:4:11.76%:2,28,1,3
chr5	7520881	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.93604;DP=377	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:259:129:130:50.19%:90,39,90,40	0/1:.:118:68:50:42.37%:51,17,39,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7695845	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=2.1612e-39;SPV=0.1076;DP=260	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:143:89:54:37.76%:79,10,46,8	0/1:.:117:63:54:46.15%:57,6,48,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7696028	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=5.2461e-13;SPV=0.067387;DP=92	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:60:41:19:31.67%:1,40,0,19	0/1:.:32:16:16:50%:1,15,0,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7698551	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8206e-18;SPV=0.83329;DP=90	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:62:28:34:54.84%:1,27,0,34	0/1:.:28:15:13:46.43%:2,13,1,12	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7802363	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=11;GPV=4.7115e-08;SPV=0.067696;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:35:25:10:28.57%:21,4,8,2	0/1:.:21:10:11:52.38%:9,1,10,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7826680	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=7.2075e-05;SPV=0.42053;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:16:8:33.33%:16,0,8,0	0/1:.:9:5:4:44.44%:5,0,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7828533	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=2.1238e-20;SPV=0.1984;DP=119	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:70:41:29:41.43%:26,15,21,8	0/1:.:49:24:25:51.02%:18,6,18,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	7828966	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=5.2876e-22;SPV=0.16585;DP=114	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:72:39:33:45.83%:26,13,23,10	0/1:.:42:18:24:57.14%:11,7,17,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	7829941	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=0.00028066;SPV=0.27346;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:12:8:4:33.33%:2,6,1,3	0/1:.:11:5:6:54.55%:0,5,3,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7831013	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=5.1348e-09;SPV=0.44676;DP=52	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:40:23:17:42.5%:14,9,11,6	0/1:.:12:6:6:50%:4,2,4,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7831147	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=83	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:62:0:62:100%:0,0,45,17	1/1:.:21:0:21:100%:0,0,18,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7831353	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=2.8053e-25;SPV=0.38026;DP=134	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:90:47:43:47.78%:12,35,9,34	0/1:.:44:21:23:52.27%:5,16,7,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7835555	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=2.2877e-20;SPV=0.24614;DP=133	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:76:47:29:38.16%:30,17,22,7	0/1:.:57:31:26:45.61%:24,7,19,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7835685	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.3774e-11;SPV=0.84576;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:44:24:20:45.45%:9,15,4,16	0/1:.:25:16:9:36%:4,12,3,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7859523	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=10;GPV=9.7202e-07;SPV=0.086157;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:12:9:42.86%:10,2,6,3	1/1:.:9:2:7:77.78%:2,0,7,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	7866106	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.6486e-26;SPV=0.92727;DP=176	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:114:64:50:43.86%:30,34,22,28	0/1:.:62:41:21:33.87%:18,23,10,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7866967	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=121	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:74:0:74:100%:0,0,51,23	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,38,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7868030	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=200	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:137:0:137:100%:0,0,73,64	1/1:.:63:0:63:100%:0,0,33,30	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7869455	.	TC	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.3761e-09;SPV=0.65721;DP=49	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:18:9:9:50%:1,8,3,6	0/1:.:31:16:15:48.39%:2,14,3,12
chr5	7870083	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=3.7174e-22;SPV=0.36711;DP=161	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:99:63:36:36.36%:37,26,24,12	0/1:.:62:37:25:40.32%:23,14,14,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7870095	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=4.5135e-23;SPV=0.27656;DP=158	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:96:60:36:37.5%:31,29,22,14	0/1:.:62:35:27:43.55%:17,18,17,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7870973	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=294	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:166:0:166:100%:0,0,77,89	1/1:.:128:0:128:100%:0,0,68,60	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7878179	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.2089e-30;SPV=0.73991;DP=161	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:103:51:52:50.49%:35,16,37,15	0/1:.:58:31:27:46.55%:24,7,24,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	7885782	.	A	AT	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.4048e-06;SPV=0.71197;DP=55	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:40:23:12:34.29%:21,2,12,0	0/1:.:15:9:4:30.77%:9,0,4,0
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chr5	7930940	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=0.00035253;SPV=0.75622;DP=27	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:18:11:7:38.89%:3,8,5,2	0/1:.:9:6:3:33.33%:4,2,1,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	9037843	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.1512e-28;SPV=1;DP=47	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,20,10	1/1:.:17:0:17:100%:0,0,13,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	9040141	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.925e-29;SPV=1;DP=49	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:37:0:37:100%:0,0,23,14	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,6,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9041468	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=102	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:71:0:71:100%:0,0,37,34	1/1:.:31:0:31:100%:0,0,21,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9041924	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.3017e-24;SPV=1;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,9,21	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,4,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9041935	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.2598e-21;SPV=1;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:28:0:28:100%:0,0,9,19	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,4,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9043142	.	T	TA	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=1.196e-06;SPV=0.33248;DP=24	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:16:7:9:56.25%:1,6,1,8	1/1:.:8:2:6:75%:0,2,0,6
chr5	9053945	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.6809e-40;SPV=1;DP=68	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,9,34	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,5,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9066464	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=85	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:57:0:57:100%:0,0,53,4	1/1:.:28:0:28:100%:0,0,26,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9066802	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=82	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:57:0:57:100%:0,0,17,40	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,11,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9122890	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=0.93085;DP=364	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:142:76:66:46.48%:57,19,49,17	0/1:.:222:135:87:39.19%:87,48,66,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9136646	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=3.4582e-22;SPV=0.24982;DP=120	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:71:39:32:45.07%:27,12,19,13	0/1:.:49:23:26:53.06%:13,10,17,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9280841	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=9.3416e-26;SPV=0.29974;DP=144	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:89:49:40:44.94%:36,13,31,9	0/1:.:55:27:28:50.91%:25,2,26,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	9280957	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=79	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:50:0:50:100%:0,0,9,41	1/1:.:29:0:29:100%:0,0,9,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10227548	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=162	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:98:0:98:100%:0,0,68,30	1/1:.:64:0:64:100%:0,0,57,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10236856	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.0805e-08;SPV=0.99433;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:29:11:18:62.07%:4,7,8,10	0/1:.:9:7:2:22.22%:2,5,0,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10236927	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.6283e-34;SPV=1;DP=58	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:37:0:37:100%:0,0,33,4	1/1:.:21:0:21:100%:0,0,19,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10237155	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.3338e-15;SPV=0.90479;DP=61	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:45:16:29:64.44%:3,13,2,27	0/1:.:16:8:8:50%:0,8,1,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	10282396	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.3017e-24;SPV=1;DP=40	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:27:0:27:100%:0,0,10,17	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,9,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	10761182	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.0149e-32;SPV=1;DP=55	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:17:0:17:100%:0,0,12,5	1/1:.:38:0:38:100%:0,0,25,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10973727	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=6.6365e-15;SPV=0.52185;DP=67	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:46:21:25:54.35%:3,18,9,16	0/1:.:21:9:12:57.14%:7,2,3,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	10986684	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=6.9312e-07;SPV=0.14849;DP=37	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:26:16:10:38.46%:15,1,10,0	0/1:.:11:4:7:63.64%:4,0,4,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	10988172	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=6.6622e-06;SPV=0.22043;DP=42	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:27:19:8:29.63%:18,1,8,0	0/1:.:15:8:7:46.67%:8,0,6,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	11084189	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=93	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:63:0:63:100%:0,0,11,52	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,2,28	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	11110951	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=4.663e-24;SPV=0.27022;DP=141	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:93:53:40:43.01%:42,11,33,7	0/1:.:48:24:24:50%:23,1,19,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	11159657	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=0.00046276;SPV=0.29157;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:19:6:24%:18,1,6,0	0/1:.:11:6:4:40%:6,0,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	11564995	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=0;SPV=0.2049;DP=262	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:176:97:79:44.89%:81,16,67,12	0/1:.:86:42:44:51.16%:36,6,44,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13691045	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.2757e-12;SPV=0.82003;DP=84	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:47:27:20:42.55%:13,14,10,10	0/1:.:37:24:13:35.14%:15,9,5,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13701327	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.3451e-09;SPV=0.97191;DP=50	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:31:14:17:54.84%:14,0,15,2	0/1:.:19:13:6:31.58%:11,2,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13701525	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.0541e-16;SPV=0.66186;DP=98	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:59:32:27:45.76%:11,21,12,15	0/1:.:39:22:17:43.59%:7,15,4,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13701536	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=2.9905e-13;SPV=0.57383;DP=83	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:50:29:21:42%:9,20,7,14	0/1:.:33:19:14:42.42%:6,13,3,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13719022	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.0173e-18;SPV=0.86698;DP=92	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:62:29:33:53.23%:28,1,32,1	0/1:.:30:17:13:43.33%:16,1,13,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13719089	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=8.4889e-35;SPV=0.98593;DP=181	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:110:48:62:56.36%:41,7,53,9	0/1:.:71:42:29:40.85%:35,7,23,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13721378	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=2.0579e-15;SPV=0.70282;DP=75	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:43:20:23:53.49%:6,14,13,10	0/1:.:32:16:16:50%:9,7,9,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13729714	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.4836e-09;SPV=0.59135;DP=42	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:27:13:14:51.85%:1,12,0,14	0/1:.:15:7:8:53.33%:0,7,0,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13735892	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.0222e-17;SPV=0.62728;DP=86	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:55:26:29:52.73%:22,4,24,5	0/1:.:31:15:16:51.61%:13,2,15,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13769257	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0753e-17;SPV=0.9927;DP=92	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:66:29:37:56.06%:7,22,7,30	0/1:.:26:18:8:30.77%:5,13,4,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13776487	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=8.485e-19;SPV=0.56451;DP=114	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:64:36:28:43.75%:31,5,25,3	0/1:.:50:28:22:44%:22,6,21,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13810441	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.5248e-15;SPV=0.60207;DP=74	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:33:16:17:51.52%:3,13,2,15	0/1:.:41:20:21:51.22%:3,17,0,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13811775	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=5.4403e-32;SPV=0.21085;DP=181	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:111:62:49:44.14%:37,25,35,14	0/1:.:70:34:36:51.43%:28,6,26,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13814682	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=8.5945e-18;SPV=0.68841;DP=77	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:57:24:33:57.89%:23,1,30,3	0/1:.:20:9:11:55%:9,0,11,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13817881	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.545e-12;SPV=0.99266;DP=63	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:42:18:24:57.14%:2,16,3,21	0/1:.:21:15:6:28.57%:1,14,1,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13820656	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.7323e-08;SPV=0.83235;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:23:9:14:60.87%:2,7,1,13	0/1:.:10:5:5:50%:0,5,1,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13823262	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.4658e-07;SPV=0.83032;DP=43	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:32:17:15:46.88%:16,1,14,1	0/1:.:11:7:4:36.36%:7,0,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13829608	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=3.9837e-09;SPV=0.26993;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:10:14:58.33%:10,0,14,0	1/1:.:9:2:7:77.78%:2,0,7,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13829799	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.1747e-22;SPV=0.98981;DP=136	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:83:41:42:50.6%:15,26,23,19	0/1:.:53:36:17:32.08%:29,7,8,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13829933	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.9562e-07;SPV=0.97725;DP=35	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:10:15:60%:0,10,1,14	0/1:.:10:7:3:30%:0,7,1,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13842052	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=5.9342e-10;SPV=0.65825;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:9:16:64%:0,9,0,16	0/1:.:11:4:7:63.64%:0,4,0,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13844874	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=9.1981e-05;SPV=0.1935;DP=22	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:13:8:5:38.46%:6,2,5,0	0/1:.:9:3:6:66.67%:3,0,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13845045	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=1.1808e-19;SPV=0.38692;DP=87	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:50:23:27:54%:13,10,19,8	0/1:.:37:15:22:59.46%:11,4,6,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13845107	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.3308e-15;SPV=0.86962;DP=76	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:45:20:25:55.56%:9,11,8,17	0/1:.:31:17:14:45.16%:5,12,5,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13845151	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.432e-07;SPV=0.82607;DP=37	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:12:13:52%:4,8,2,11	0/1:.:12:7:5:41.67%:3,4,0,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13850750	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.4508e-22;SPV=1;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:27:0:27:100%:0,0,25,2	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,9,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13859743	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=98	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:61:0:61:100%:0,0,6,55	1/1:.:37:0:37:100%:0,0,4,33	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13862600	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.7144e-24;SPV=0.70455;DP=44	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:31:1:30:96.77%:1,0,30,0	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,13,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13862616	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.5755e-37;SPV=1;DP=62	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:42:0:42:100%:0,0,41,1	1/1:.:20:0:20:100%:0,0,20,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13864728	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=88	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:52:0:52:100%:0,0,29,23	1/1:.:36:0:36:100%:0,0,17,19	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13865980	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.2544e-12;SPV=1;DP=20	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,4,6	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,6,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13866450	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.7269e-22;SPV=1;DP=37	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:26:0:26:100%:0,0,1,25	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,3,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13867851	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.0577e-05;SPV=0.76592;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:25:14:11:44%:14,0,11,0	0/1:.:8:5:3:37.5%:5,0,3,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13868103	.	TA	T	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=2.3785e-13;SPV=0.10105;DP=32	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:21:5:16:76.19%:2,3,2,14	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,0,11
chr5	13870836	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.607e-06;SPV=0.40668;DP=42	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:31:20:11:35.48%:20,0,11,0	0/1:.:11:6:5:45.45%:6,0,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13876664	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.6742e-23;SPV=1;DP=39	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:28:0:28:100%:0,0,28,0	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,11,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13883262	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.0182e-13;SPV=0.97402;DP=62	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:48:19:29:60.42%:0,19,4,25	0/1:.:14:9:5:35.71%:0,9,0,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13894894	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=3.3463e-41;SPV=0.15324;DP=224	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:128:70:58:45.31%:36,34,27,31	0/1:.:96:45:51:53.12%:22,23,27,24	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13900345	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.7047e-16;SPV=0.40309;DP=97	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:70:40:30:42.86%:35,5,23,7	0/1:.:27:14:13:48.15%:10,4,11,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13902220	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.7753e-06;SPV=0.72173;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:13:11:45.83%:13,0,10,1	0/1:.:12:7:5:41.67%:7,0,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13911405	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=2.1991e-10;SPV=0.28265;DP=52	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:33:18:15:45.45%:18,0,14,1	0/1:.:19:8:11:57.89%:7,1,10,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13913885	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=9.2117e-24;SPV=0.48165;DP=137	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:84:46:38:45.24%:33,13,28,10	0/1:.:53:28:25:47.17%:23,5,20,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13919255	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.4568e-12;SPV=0.47167;DP=71	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:48:27:21:43.75%:24,3,19,2	0/1:.:23:12:11:47.83%:11,1,10,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13928085	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.7292e-12;SPV=0.93312;DP=76	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:45:24:21:46.67%:24,0,17,4	0/1:.:31:21:10:32.26%:19,2,8,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13931205	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.2307e-22;SPV=0.87181;DP=116	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:69:32:37:53.62%:27,5,32,5	0/1:.:47:26:21:44.68%:21,5,20,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13931340	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=1.5567e-13;SPV=0.30402;DP=75	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:42:24:18:42.86%:2,22,5,13	0/1:.:33:16:17:51.52%:5,11,4,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	13944512	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=128	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:75:0:75:100%:0,0,51,24	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,32,21	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14145047	.	A	AG	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.7286e-08;SPV=0.98429;DP=44	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:10:3:7:70%:2,1,2,5	0/1:.:34:21:13:38.24%:13,8,10,3
chr5	14183866	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.554e-28;SPV=1;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:34:0:34:100%:0,0,33,1	1/1:.:14:0:14:100%:0,0,13,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14183979	.	CAG	C	.	PASS	SS=1;SSC=8;GPV=0;SPV=0.14185;DP=118	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:77:10:67:87.01%:4,6,34,33	1/1:.:41:2:39:95.12%:0,2,28,11
chr5	14184022	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=93	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:60:0:60:100%:0,0,17,43	1/1:.:33:0:33:100%:0,0,16,17	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14184079	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.12104e-44;SPV=1;DP=75	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:47:0:47:100%:0,0,18,29	1/1:.:28:0:28:100%:0,0,15,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14184116	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=6;GPV=1.3135e-07;SPV=0.23375;DP=58	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:37:26:11:29.73%:12,14,7,4	0/1:.:21:12:9:42.86%:6,6,6,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14290805	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=8.385e-18;SPV=0.39862;DP=118	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:79:48:31:39.24%:46,2,30,1	0/1:.:39:22:17:43.59%:21,1,17,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14304813	.	C	T	.	PASS	SS=3;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00047275;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:23:15:8:34.78%:0,15,1,7	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,0,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14366840	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=8.4556e-18;SPV=1;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:22:0:22:100%:0,0,22,0	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14368975	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.1906e-36;SPV=0.98069;DP=163	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:108:42:66:61.11%:15,27,28,38	0/1:.:55:30:25:45.45%:14,16,12,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14378068	.	T	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.5602e-33;SPV=1;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:38:0:38:100%:0,0,35,3	1/1:.:18:0:18:100%:0,0,16,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14381174	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.1928e-11;SPV=0.90342;DP=48	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:29:11:18:62.07%:11,0,16,2	0/1:.:19:10:9:47.37%:10,0,9,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14387489	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=1.6968e-11;SPV=0.56914;DP=86	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:67:43:24:35.82%:41,2,22,2	0/1:.:19:12:7:36.84%:10,2,7,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14388797	.	GT	G	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0085819;DP=84	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/0:.:60:53:4:7.02%:14,39,0,4	0/1:.:24:15:7:31.82%:7,8,0,7
chr5	14394283	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=2.5383e-09;SPV=0.69511;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:34:19:15:44.12%:1,18,2,13	0/1:.:22:13:9:40.91%:4,9,0,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14397238	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.6045e-08;SPV=0.9952;DP=54	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:41:21:20:48.78%:13,8,14,6	0/1:.:13:11:2:15.38%:7,4,2,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	14612343	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=120	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:76:0:76:100%:0,0,51,25	1/1:.:44:0:44:100%:0,0,31,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14639353	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0643e-11;SPV=0.95474;DP=51	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:34:13:21:61.76%:13,0,19,2	0/1:.:17:10:7:41.18%:10,0,6,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14664821	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8298e-08;SPV=0.94391;DP=43	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:9:3:6:66.67%:3,0,6,0	0/1:.:34:19:15:44.12%:17,2,14,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	14697312	.	G	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12685;DP=44	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:28:28:0:0%:4,24,0,0	0/1:.:16:14:2:12.5%:4,10,1,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14697849	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.7754e-11;SPV=0.87596;DP=50	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:37:15:22:59.46%:6,9,13,9	0/1:.:13:7:6:46.15%:5,2,4,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14698472	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=10;GPV=5.6755e-26;SPV=0.099468;DP=162	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:105:64:41:39.05%:38,26,22,19	0/1:.:57:28:29:50.88%:16,12,19,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14707376	.	ACG	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=2.242e-08;SPV=0.74811;DP=60	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:39:24:15:38.46%:14,10,10,5	0/1:.:21:14:7:33.33%:10,4,6,1
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chr5	14710796	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=4.2407e-10;SPV=0.44533;DP=59	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:38:22:16:42.11%:9,13,8,8	0/1:.:21:11:10:47.62%:4,7,7,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14711275	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.0636e-39;SPV=0.45441;DP=194	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:131:63:68:51.91%:43,20,40,28	0/1:.:63:29:34:53.97%:17,12,24,10	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	14741921	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=6.4181e-30;SPV=0.68728;DP=176	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:121:65:56:46.28%:36,29,41,15	0/1:.:55:31:24:43.64%:25,6,18,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	16508674	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=143	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:94:0:94:100%:0,0,87,7	1/1:.:49:0:49:100%:0,0,47,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16508898	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=97	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:74:0:74:100%:0,0,28,46	1/1:.:23:0:23:100%:0,0,3,20	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16509183	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.2146e-13;SPV=1;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:15:0:15:100%:0,0,2,13	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,1,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16617099	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.5943e-31;SPV=1;DP=53	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:11:0:11:100%:0,0,3,8	1/1:.:42:0:42:100%:0,0,13,29	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16667003	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=88	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:69:0:69:100%:0,0,7,62	1/1:.:19:0:19:100%:0,0,3,16	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16673975	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.75426e-43;SPV=1;DP=72	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:48:0:48:100%:0,0,22,26	1/1:.:24:0:24:100%:0,0,9,15	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16676103	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=5.7269e-22;SPV=1;DP=37	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:27:0:27:100%:0,0,24,3	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,9,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16679926	.	G	GC	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.0078e-11;SPV=0.89855;DP=24	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:16:1:15:93.75%:0,1,15,0	1/1:.:8:1:7:87.5%:1,0,7,0
chr5	16679966	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.5024e-30;SPV=1;DP=51	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:39:0:39:100%:0,0,38,1	1/1:.:12:0:12:100%:0,0,11,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16711365	.	CA	C	.	PASS	SS=3;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045081;DP=102	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:81:24:56:70%:13,11,22,34	1/1:.:21:2:19:90.48%:1,1,10,9
chr5	16711451	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.5146e-20;SPV=1;DP=34	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:25:0:25:100%:0,0,3,22	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,0,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16754930	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.0658e-22;SPV=0.65611;DP=133	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:82:45:37:45.12%:27,18,26,11	0/1:.:51:29:22:43.14%:23,6,16,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16762646	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.5024e-30;SPV=1;DP=51	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,23,7	1/1:.:21:0:21:100%:0,0,15,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16764334	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=173	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:125:0:125:100%:0,0,115,10	1/1:.:48:0:48:100%:0,0,40,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16766093	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.1056e-35;SPV=1;DP=59	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,30,0	1/1:.:29:0:29:100%:0,0,28,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16769273	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=6.4366e-11;SPV=0.52213;DP=61	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:51:28:23:45.1%:19,9,14,9	0/1:.:10:5:5:50%:3,2,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16783711	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=3.5853e-07;SPV=0.39416;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:18:9:9:50%:0,9,1,8	0/1:.:13:5:8:61.54%:0,5,0,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16794780	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=5.2716e-24;SPV=0.41257;DP=113	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:39:19:20:51.28%:15,4,17,3	0/1:.:74:33:41:55.41%:26,7,33,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16795012	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=7.9614e-22;SPV=0.3734;DP=100	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:46:22:24:52.17%:10,12,9,15	0/1:.:54:23:31:57.41%:9,14,9,22	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16795073	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=4.3347e-08;SPV=0.32128;DP=41	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:21:12:9:42.86%:2,10,2,7	0/1:.:20:9:11:55%:2,7,0,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16815271	.	C	CA	.	PASS	SS=1;SSC=5;GPV=1.5887e-18;SPV=0.30159;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:20:2:18:90%:1,1,14,4	1/1:.:16:0:16:100%:0,0,14,2
chr5	16815530	.	G	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.1536e-38;SPV=0.82313;DP=242	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:164:90:74:45.12%:48,42,45,29	0/1:.:78:47:31:39.74%:36,11,27,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16902701	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.1991e-10;SPV=0.88165;DP=52	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:35:16:19:54.29%:7,9,8,11	0/1:.:17:10:7:41.18%:9,1,4,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	16916071	.	GA/AA	G	.	PASS	SS=5;SSC=0;GPV=1;SPV=0.47678;DP=30	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:22:10:6:37.5%:10,0,6,0	0/1:.:8:3:3:50%:3,0,3,0
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chr5	17491627	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=0.00041251;SPV=0.49043;DP=31	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:11:8:3:27.27%:2,6,0,3	0/1:.:20:13:7:35%:3,10,2,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	17491659	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.2146e-13;SPV=1;DP=23	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:10:0:10:100%:0,0,3,7	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,5,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	18783485	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=6.4422e-06;SPV=0.74923;DP=20	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:12:4:8:66.67%:4,0,8,0	0/1:.:8:3:5:62.5%:3,0,5,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	18783620	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.8578e-12;SPV=1;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:13:0:13:100%:0,0,2,11	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,1,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	19503243	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=9.8683e-19;SPV=0.9;DP=94	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:68:31:37:54.41%:1,30,3,34	0/1:.:26:15:11:42.31%:0,15,2,9	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	19520932	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=5.4929e-33;SPV=0.37285;DP=153	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:101:47:54:53.47%:14,33,13,41	0/1:.:52:22:30:57.69%:8,14,4,26	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	19591174	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=10;GPV=8.0552e-23;SPV=0.08931;DP=108	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:65:34:31:47.69%:30,4,30,1	0/1:.:43:16:27:62.79%:12,4,26,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	19721490	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=170	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:93:0:93:100%:0,0,50,43	1/1:.:77:0:77:100%:0,0,44,33	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21461786	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=9.2415e-08;SPV=0.6536;DP=38	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:30:15:15:50%:15,0,15,0	0/1:.:8:4:4:50%:4,0,4,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21479521	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.3037e-06;SPV=0.5;DP=28	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:14:7:7:50%:5,2,6,1	0/1:.:14:6:8:57.14%:3,3,5,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21491446	.	G	T	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.075362;DP=46	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:33:33:0:0%:30,3,0,0	0/1:.:13:11:2:15.38%:11,0,2,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21497271	.	T	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=2.9926e-16;SPV=0.50958;DP=39	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:29:5:24:82.76%:1,4,8,16	1/1:.:10:1:9:90%:1,0,6,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21542775	.	A	C	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=3.7603e-09;SPV=0.16541;DP=21	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,4,5	1/1:.:12:3:9:75%:1,2,9,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21542793	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=9;GPV=4.357e-08;SPV=0.12384;DP=19	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:9:0:9:100%:0,0,3,6	0/1:.:10:3:7:70%:0,3,5,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21751367	.	CTT	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.6658e-22;SPV=0.95208;DP=45	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:28:1:27:96.43%:1,0,17,10	1/1:.:17:2:15:88.24%:1,1,11,4
chr5	21752050	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=146	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:95:0:95:100%:0,0,50,45	1/1:.:51:0:51:100%:0,0,40,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21752056	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=146	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:93:0:93:100%:0,0,53,40	1/1:.:53:0:53:100%:0,0,42,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21755738	.	G	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=47;GPV=1;SPV=1.9237e-05;DP=142	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:91:91:0:0%:75,16,0,0	0/1:.:51:41:10:19.61%:32,9,7,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	21760602	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.3259e-17;SPV=1;DP=29	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:21:0:21:100%:0,0,21,0	1/1:.:8:0:8:100%:0,0,8,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	22580576	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.9668e-14;SPV=0.88935;DP=65	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:45:19:26:57.78%:12,7,17,9	0/1:.:20:11:9:45%:6,5,7,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	22580590	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=3.9143e-11;SPV=0.93104;DP=56	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:40:18:22:55%:9,9,12,10	0/1:.:16:10:6:37.5%:6,4,6,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	22580680	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.8647e-06;SPV=0.67607;DP=33	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:24:13:11:45.83%:9,4,3,8	0/1:.:9:5:4:44.44%:1,4,1,3	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	23510203	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=1.2938e-05;SPV=0.94495;DP=24	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:14:5:9:64.29%:0,5,0,9	0/1:.:10:6:4:40%:1,5,0,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	23523348	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=7;GPV=2.2641e-21;SPV=0.18196;DP=129	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:88:52:36:40.91%:39,13,19,17	0/1:.:41:20:21:51.22%:16,4,13,8	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	23527239	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=1.2588e-07;SPV=0.67981;DP=57	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:42:27:15:35.71%:16,11,11,4	0/1:.:15:10:5:33.33%:5,5,3,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	23527919	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035019;DP=216	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:155:94:61:39.35%:56,38,29,32	0/1:.:61:28:33:54.1%:19,9,19,14	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	23976115	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=8.8064e-21;SPV=0.4544;DP=110	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:81:42:39:48.15%:28,14,27,12	0/1:.:29:14:15:51.72%:11,3,10,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	24170517	.	A	G	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=4.4483e-23;SPV=0.60425;DP=121	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:54:27:27:50%:23,4,21,6	0/1:.:67:34:33:49.25%:26,8,26,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	24511654	.	CAGAGAGAGAG	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=7.8109e-06;SPV=0.99852;DP=49	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:30:15:13:46.43%:0,15,1,12	0/1:.:19:16:2:11.11%:0,16,0,2
chr5	24654797	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=8.1472e-05;SPV=0.45121;DP=36	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:20:14:6:30%:7,7,3,3	0/1:.:16:10:6:37.5%:6,4,4,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	24654825	.	CT	C	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.1835e-06;SPV=0.68131;DP=34	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:20:11:9:45%:4,7,2,7	0/1:.:14:8:6:42.86%:2,6,3,3
chr5	25190672	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=77	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:26:0:26:100%:0,0,9,17	1/1:.:51:0:51:100%:0,0,25,26	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25909764	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.0805e-19;SPV=0.92686;DP=122	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:67:35:32:47.76%:15,20,15,17	0/1:.:55:35:20:36.36%:17,18,9,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25910078	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0.00077962;SPV=0.95188;DP=24	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:15:8:7:46.67%:4,4,3,4	0/1:.:9:7:2:22.22%:7,0,1,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25910570	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=5.2507e-16;SPV=0.59364;DP=82	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:56:28:28:50%:13,15,19,9	0/1:.:26:13:13:50%:10,3,8,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25910592	.	G	GAGA	.	PASS	SS=1;SSC=2;GPV=0.00029985;SPV=0.58177;DP=24	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:15:9:6:40%:6,3,6,0	0/1:.:9:5:4:44.44%:3,2,4,0
chr5	25910619	.	C	G	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=6.4572e-34;SPV=1;DP=57	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:34:0:34:100%:0,0,14,20	1/1:.:23:0:23:100%:0,0,12,11	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25910724	.	G	T	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=5.6162e-07;SPV=0.34433;DP=49	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:33:22:11:33.33%:14,8,6,5	0/1:.:16:9:7:43.75%:4,5,3,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25910929	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=3.0665e-16;SPV=0.79385;DP=87	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:66:33:33:50%:21,12,25,8	0/1:.:21:12:9:42.86%:5,7,4,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25911136	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=1.19e-16;SPV=0.46051;DP=79	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:54:26:28:51.85%:15,11,20,8	0/1:.:25:11:14:56%:8,3,8,6	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	25911288	.	T	C	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=120	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:91:0:91:100%:0,0,78,13	1/1:.:29:0:29:100%:0,0,25,4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
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chr5	32101168	.	A	T	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=0;SPV=1;DP=113	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:83:0:83:100%:0,0,53,30	1/1:.:30:0:30:100%:0,0,17,13	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32108688	.	T	TGTAA	.	PASS	SS=1;SSC=3;GPV=2.2325e-22;SPV=0.40727;DP=81	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	0/1:.:55:20:35:63.64%:13,7,14,21	0/1:.:26:8:18:69.23%:5,3,13,5
chr5	32109122	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.23304e-41;SPV=1;DP=69	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:43:0:43:100%:0,0,29,14	1/1:.:26:0:26:100%:0,0,19,7	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32109145	.	AAGTC	A	.	PASS	SS=1;SSC=4;GPV=5.5677e-31;SPV=0.35282;DP=76	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.	1/1:.:50:9:41:82%:5,4,21,20	1/1:.:26:3:23:88.46%:3,0,16,7
chr5	32125427	.	C	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=4.0229e-32;SPV=1;DP=54	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:32:0:32:100%:0,0,18,14	1/1:.:22:0:22:100%:0,0,20,2	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32126013	.	G	A	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12896;DP=52	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:33:33:0:0%:15,18,0,0	0/1:.:19:17:2:10.53%:6,11,1,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32126055	.	C	T	.	PASS	SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.084181;DP=47	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/0:.:33:33:0:0%:15,18,0,0	0/1:.:14:12:2:14.29%:3,9,1,1	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32135599	.	G	A	.	PASS	SS=1;SSC=0;GPV=2.6498e-39;SPV=1;DP=66	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	1/1:.:46:0:46:100%:0,0,45,1	1/1:.:20:0:20:100%:0,0,20,0	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.
chr5	32227733	.	C	T	.	PASS	SS=1;SSC=1;GPV=4.7339e-09;SPV=0.70983;DP=51	GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4	0/1:.:30:16:14:46.67%:8,8,10,4	0/1:.:21:12:9:42.86%:8,4,4,5	./.:.:.:.:.:.:.	./.:.:.:.:.:.:.