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mw_website.sh
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#!/bin/bash
# A Shell Script to update the Metabolomics Workbench File Status website
# Christian D. Powell - 2022/02/20
###########################
# change directory to tmp #
###########################
cd /tmp
###################
# start ssh agent #
###################
eval "$(ssh-agent -s)"
ssh-add /root/.ssh/id_ed25519_github
##############################
# clone mw file status repo #
##############################
git clone [email protected]:MoseleyBioinformaticsLab/mwFileStatusWebsite.git
cd mwFileStatusWebsite/
###################################################
# install virtualenv and create a new environment #
###################################################
python3 -m pip install virtualenv
python3 -m virtualenv venv
source venv/bin/activate
python3 -m pip install mwtab
python3 -m pip install -e ../mwFilesStatusWebsite
########################
# update website files #
########################
#python3 -m validator/validator.py
#python3 -m validator/constructor.py
python3 -m mwFileStatusWebsite validate
python3 -m mwFileStatusWebsite generate
###################
# start ssh agent #
###################
eval "$(ssh-agent -s)"
ssh-add /root/.ssh/id_ed25519_github
#############################
# add updated files to repo #
#############################
git add docs/validation_logs index.html missing.html parsing_error.html passing.html validation_error.html
now=$(date +'%Y/%m/%d')
git commit -m "Weekly update for $now"
git push
#####################
# remove everything #
#####################
cd ..
rm -rf mwFileStatusWebsite/